数据集概述
该数据集通过ATAC-seq技术分析非洲爪蟾原肠胚早期（10期）和晚期（12期）的全基因组染色质可及性变化，验证“细胞对诱导信号应答能力的丧失由染色质可及性降低介导”的假设。包含约7万个可及区域的标准化读数、可及性变化的启动子列表、与p300 ChIP-seq数据的比较等分析结果，为研究早期胚胎发育的调控机制提供数据支持。
文件详解
- 文件名称：Data description ATAC-seq in Xenopus (Esmaeili et al).pdf
- 文件格式：PDF
- 内容说明：数据集描述文档，可能包含实验设计、分析方法及结果概述
- 文件名称：ATAC-seq analysis for Xenopus stage 10 and stage 12.xlsx
- 文件格式：Excel
- 内容说明：原肠胚10期和12期ATAC-seq分析数据，可能包含全基因组可及峰分布、启动子可及性变化列表等
- 文件名称：ATAC-seq vs expression Xenopus stage 10.xlsx
- 文件格式：Excel
- 内容说明：10期启动子可及性与基因表达水平的比较数据
- 文件名称：Motif analysis for putative cis-regulatory modules in Xenopus gastrula.zip
- 文件格式：ZIP压缩包
- 内容说明：可能包含顺式调控模块（pCRMs）的转录因子结合基序分析结果（如HOMER分析数据）
- 文件名称：Reduced accessibility at putative cis-regulatory modules in Xenopus gastrula stage ectoderm.xlsx
- 文件格式：Excel
- 内容说明：原肠胚期外胚层中顺式调控模块可及性降低的相关数据
适用场景
- 发育生物学研究：分析非洲爪蟾原肠胚期染色质可及性动态变化与细胞命运决定的关系
- 表观遗传学研究：探究染色质可及性调控与细胞应答诱导信号能力的关联机制
- 转录调控分析：识别原肠胚期关键转录因子结合基序及顺式调控模块功能
- 胚胎发育机制研究：验证染色质可及性对早期发育基因表达的调控作用
