数据集概述
该数据集围绕序列采样末端节点的系统发育年代测定方法构建，包含贝叶斯MCMC算法实现文件、SIV/HIV-2及流感H1基因数据文件、分析配置文件和补充文档，支持病毒进化时间估计及方法比较研究。
文件详解
- 贝叶斯分析配置文件：
- H1.Beast.xml：BEAST软件分析流感H1基因的XML配置文件
- H1.Beast.Nulldata.xml：BEAST软件空数据测试的XML配置文件
- mcmctreeClock1.ctl：PAML包中MCMCtree程序的时钟模型控制文件
- 系统发育树文件：
- H1.tre：流感H1基因的系统发育树文件
- HIV2ge.tre：SIV/HIV-2基因的系统发育树文件
- 序列数据文件：
- H1.txt：流感H1基因序列文本文件，包含基因序列数据
- HIV2ge.txt：SIV/HIV-2基因序列文本文件，包含基因序列数据
- in.BV.HKYG5：HKYG5模型的输入数据文件
- 补充文档：
- StadlerYang2012BDS.TipDate.OnlineSuppMat.pdf：方法学补充材料PDF文档
适用场景
- 病毒进化研究：估计SIV/HIV-2、流感病毒等病原体的进化分歧时间
- 系统发育方法学验证：比较贝叶斯MCMC与似然法在年代测定中的差异
- 进化模型敏感性分析：评估树拓扑结构、先验参数对时间估计结果的影响
- 古DNA年代测定：支持基于序列采样数据的古生物分子钟分析
