数据集概述
本数据集包含硫氧化细菌外共生体（Thiobius）与近缘自由生活菌株（ODIII6）的基因组原始数据，通过宏基因组学与比较基因组学分析，探究宿主依赖对外共生体基因组演化的影响，涉及16S rRNA基因树、代谢通路及功能性状等核心内容。
文件详解
该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下：
- 系统发育树文件（.nwk格式）：
- 01.ML16S.redu.nwk：最大似然法构建的16S rRNA基因树（Newick格式），已修剪无可用基因组的分支
- 02.ML.16S.306seqs.100BS.nwk：R工作流程生成的最大似然16S rRNA基因树（含100次自举支持）
- 03.MP16S.redu.nwk：简约法构建的16S rRNA基因树（Newick格式）
- 04.MP.16S.306seqs.100BS.nwk：R工作流程生成的简约法16S rRNA基因树（含100次自举支持）
- 05.BI16S.redu.nwk：贝叶斯法构建的16S rRNA基因树（Newick格式）
- 06.BI16S.306seqs.nwk：贝叶斯法构建的16S rRNA基因树（含306条序列）
- 基因组信息文件（.csv格式）：
- 10.Metagenomes.csv：宏基因组样本信息，字段包括GenomeID、MD5、FileSize、ReadPairs
- 15.ThiobiusMAGandODIII6.csv：共生体与自由生活菌株基因组特征，字段含ContigsNumber、N50、BUSCO完整性、GC含量等
- 09.TaxaSelection16S.csv：16S rRNA基因分析的分类单元选择列表
- 12.DNAextraction.csv：DNA提取实验相关数据
- 基因组注释文件（.tsv格式）：
- 13.ThiobiusG43.curated.tsv：Thiobius基因组注释数据（已整理）
- 14.ODIII6.curated.tsv：ODIII6菌株基因组注释数据（已整理）
- 序列文件（.fna格式）：
- 08.Phylogeny.16S.mafft.trimal.fna：经MAFFT比对、TrimAl修剪的16S rRNA基因序列文件
- 分析报告与代码文件：
- 18.Espada-Hinojosa_et_al_2022_PrimaryData.Rmd：R Markdown格式的分析代码与报告
- 19.Espada-Hinojosa_et_al_2022_PrimaryData.html：R Markdown生成的HTML报告
- README.md：数据集说明文档，含文件MD5校验值及内容描述
适用场景
- 微生物基因组演化研究：分析宿主依赖对外共生体基因组大小、代谢通路的影响
- 硫氧化共生体系研究：探究硫氧化细菌与宿主的互作机制及适应策略
- 比较基因组学分析：对比自由生活与共生微生物的功能性状差异
- 深海热液口微生物适应机制研究：解析环境不稳定性对微生物基因功能的选择压力
- 微生物系统发育分析：基于16S rRNA基因树研究硫氧化细菌的亲缘关系
