数据集概述
本数据集围绕前列腺鳞状细胞癌(占前列腺癌病例不足百分之一)展开,结合临床病理特征与全外显子测序数据,分析其与前列腺腺癌的遗传重叠及潜在分子机制,为该疾病的个体化诊疗提供数据支持。
文件详解
该数据集包含三个核心目录,具体说明如下:
- AC. vs. normal/ 目录(前列腺腺癌与正常组织对比数据):
- 文件示例:AC.vs.normal.indel.vcf、AC.vs.normal.SNP.vcf等
- 文件格式:VCF(变异数据文件)、XLS(分析结果表格)、IDX(索引文件)
- 内容说明:包含腺癌与正常组织的单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(indel)变异数据,以及结合hg19参考基因组的GO和KEGG通路注释结果
- SCC. vs. normal/ 目录(前列腺鳞状细胞癌与正常组织对比数据):
- 文件示例:SCC.vs.normal.indel.vcf、SCC.vs.normal.SNP.vcf等
- 文件格式:VCF、XLS、IDX
- 内容说明:包含鳞状细胞癌与正常组织的SNP、indel变异数据,以及对应的功能通路注释结果
- driver gene analysis/ 目录(驱动基因分析结果):
- 文件示例:AC.vs.normal.SNP.xls、SCC.vs.normal.indel.xls等
- 文件格式:XLS
- 内容说明:包含腺癌和鳞状细胞癌分别与正常组织对比的驱动基因分析表格,记录变异位点与基因关联信息
适用场景
- 前列腺癌分子机制研究:分析鳞状细胞癌与腺癌的遗传重叠及分化相关分子通路
- 肿瘤精准医学研究:探索前列腺鳞状细胞癌个体化治疗的潜在靶点
- 临床病理转化研究:结合基因组数据优化前列腺罕见癌种的诊疗策略
- 癌症基因组学教学:作为肿瘤变异分析与通路注释的实践案例数据