数据集概述
本数据集包含人胚胎牙齿帽状期到钟状早期(受孕后12至18周)牙胚的空间转录组测序和单核RNA测序(snRNA-seq)数据,用于分析其发育过程的空间转录组模式,为牙齿发育生物学研究提供基础数据支持。
文件详解
该数据集包含多个文件和目录,具体说明如下:
- 单核RNA测序数据文件(位于 snRNA-seq/ 目录下):
- PCW15_SN_barcodes.tsv.gz:gzip压缩的TSV格式文件,可能包含15周单核样本的细胞条形码信息
- PCW15_SN_genes.tsv.gz:gzip压缩的TSV格式文件,可能包含15周单核样本的基因列表信息
- PCW15_SN_matrix.mtx.gz:gzip压缩的MTX格式文件,可能包含15周单核样本的基因表达矩阵信息
- PCW18_SN_barcodes.tsv.gz:gzip压缩的TSV格式文件,可能包含18周单核样本的细胞条形码信息
- PCW18_SN_genes.tsv.gz:gzip压缩的TSV格式文件,可能包含18周单核样本的基因列表信息
- PCW18_SN_matrix.mtx.gz:gzip压缩的MTX格式文件,可能包含18周单核样本的基因表达矩阵信息
- 空间转录组测序数据文件(位于 spatial RNA-seq/ 目录下):
- PCW12_sp_filtered_feature_bc_matrix.h5:H5格式文件,包含12周空间转录组过滤后的特征-条形码矩阵数据
- PCW15_sp_filtered_feature_bc_matrix.h5:H5格式文件,包含15周空间转录组过滤后的特征-条形码矩阵数据
- PCW12_sp_tissue_positions_list.csv:CSV格式文件,包含12周空间转录组样本的组织位置列表数据,字段包含细胞条形码、组织识别信息及空间坐标(如ACGCCTGACACGCGCT-1,0,0,0,730,998)
- PCW18_sp_tissue_positions_list.csv:CSV格式文件,包含15周空间转录组样本的组织位置列表数据,字段包含细胞条形码、组织识别信息及空间坐标(如ACGCCTGACACGCGCT-1,0,0,0,805,960)
适用场景
- 发育生物学研究:分析人胚胎牙齿帽状期到钟状早期发育过程中的基因表达动态变化
- 空间转录组学分析:探究牙齿发育过程中基因表达的空间分布模式及其调控机制
- 牙齿发育机制研究:结合单核RNA测序数据,解析牙胚发育不同阶段的细胞类型及分子特征
- 口腔医学基础研究:为牙齿发育异常相关疾病的机制研究提供参考数据支持