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系统发育学中概率图形模型表示数据集
2025年12月16日 30 12 11
数据集概述 本数据集围绕系统发育学中的概率图形模型表示展开，通过引入树板等新组件，扩展标准图形模型框架以适配系统发育树结构，提供模型表示案例与配套数据，助力系统发育模型的教学、交流及通用软件开发。 文件详解 数据文件: baculumData01.nex: NEX格式文件，可能为系统发育分析的原始数据文件 mammalia_dosReis.tree:...
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系统发育多样性损失与随机树模型数据集
2025年12月23日 30 140 102
数据集概述 本数据集围绕系统发育多样性（PD）损失展开研究，通过三参数随机树模型分析拓扑结构、分支深度与灭绝风险对PD损失的影响，提出"危险区"参数范围及蒙特卡洛推断算法，并应用于鸟类支系数据验证。 文件详解 代码文件（.r格式）： InferenceFunctions.R：包含用于推断模型参数（β、α、η）的蒙特卡洛算法代码...
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系统发育基因组学测序方案计算机模拟比较数据集
2025年12月23日 30 35 6
数据集概述 本数据集基于23种灵长类动物基因组，对四种常用系统发育基因组学测序方案（UCE捕获、外显子捕获、RADseq、ddRADseq）进行计算机模拟比较，涵盖系统发育分辨率与分歧时间估算结果，为方案选择提供参考。 文件详解 文件名称: README_for_beast.tar.pdf 文件格式: PDF 内容说明:...
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系统发育基因组分析中替代异质性处理模拟研究数据集
2025年12月15日 30 11 9
数据集概述 本数据集围绕系统发育基因组学中替代异质性处理方法展开，通过模拟氨基酸序列数据对比CAT模型（CAT-F81、CAT-GTR）与数据分区策略的性能差异，分析不同模型对系统发育树推断准确性的影响，为相关研究提供数据支持。 文件详解 压缩文件: NexusFiles_PartitionFiles_ProgramCommands.zip:...
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系统发育因子分析数据集
2025年12月24日 30 45 21
数据集概述 本数据集围绕系统发育因子分析（PFA）方法构建，包含用于验证该方法的多物种性状数据文件及补充材料，覆盖耧斗菜花朵发育、花鳉科繁殖转变、扳机鱼鳍形态测量等进化研究场景，支持高维性状与系统发育关系的分析。 文件详解 数据文件（.xml格式，共26个）：...
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系统发育回归模型违规影响模拟实验结果补充材料
2025年12月5日 30 50 44
数据集概述 本数据集为“稳健系统发育回归”相关研究的补充材料，包含模拟实验结果，旨在探究系统发育回归在模型违规（如不匹配树）情况下的影响，为改进系统发育比较方法（PCMs）提供数据支持。 文件详解 文件名称: README.md：Markdown格式文件，包含补充材料概述、模拟实验及系统发育案例研究结果说明，提供数据来源DOI链接。 文件名称:...
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系统发育动力学模型适用性评估数据集
2025年12月11日 30 204 52
数据集概述 该数据集围绕系统发育动力学模型适用性评估展开，包含相关研究的补充图表、表格及文本文件，用于支持对埃博拉和H1N1流感病毒爆发系统发育树的模型适用性分析，为验证不同模型对病毒数据的描述能力提供资料。 文件详解 PDF文件（共2个）： FigS1.pdf：可能包含研究中的关键图表（如系统发育树、模型拟合结果图）...
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系统发育动力学模型中的对称性与变换数据集
2025年12月8日 30 122 52
数据集概述 本数据集围绕系统发育动力学模型中的对称性与变换展开，聚焦随机生灭模型的基础理论，探讨生灭率互换时的对称性、采样概率对对称性的影响及死亡参数负值情况，涉及计算系统发育动力学应用。 文件详解 文件名称: bd-symm_supplementary.pdf 文件格式: PDF 内容说明:...
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系统发育分析结果数据集
2025年12月20日 30 152 41
数据集概述 该数据集包含系统发育分析的结果文件，共七个文件，涵盖.t、.p、.trprobs、.tre、.pdf等五种格式，主要记录系统发育分析过程中的运行输出、概率数据、树结构及可视化结果，为系统发育研究提供数据支持。 文件详解 文件列表及格式： morerai_out.run1.t：.t格式文件，可能为第一次运行的系统发育树输出文件...
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系统发育分析的特征列表与特征状态矩阵附录
2025年12月21日 30 85 43
数据集概述 本数据集为系统发育分析相关的附录文件，包含用于研究鞘翅目（Coleoptera）郭公虫科（Cleridae）化石分类的特征列表与特征状态矩阵，基于X射线断层扫描技术获取的波罗的海琥珀标本数据构建，支持物种系统发育位置的分析。 文件详解 文件名称：Appendix_1_Character_list_and_matrix.pdf...
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系统发育分析的序列进化分区与模型数据集
2025年12月9日 30 32 19
数据集概述 本数据集提供了用于最大似然法（ML）和贝叶斯推断（BI）系统发育分析的序列进化分区与模型信息，包含不同基因区域（如cytb、ND4等）及密码子位置对应的模型设置，支持相关进化分析研究。 文件详解 该数据集包含一个HTML格式的表格文件，具体说明如下： - 文件名称: table.html - 文件格式: HTML (.html) -...
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系统发育分析最优进化速率研究数据集
2025年12月22日 30 146 15
数据集概述 本数据集基于模拟实验探究系统发育分析中的最优进化速率，涉及不同树大小、终端数量、树形状等场景，分析最优速率与位点间、谱系间速率变异的关系，评估多种实验设计方法预测基因效用的性能，为系统发育研究的基因选择提供依据。 文件详解 文件名称: Supplementary_File_3_Influence_NbBp.pdf 文件格式: PDF...
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系统发育分析中分层特征整合数据集
2025年12月8日 30 24 12
数据集概述 该数据集围绕系统发育分析中分层特征整合展开，包含用于评估新优化标准的合成与实证数据，涉及字符矩阵、字符类型文件及系统发育树文件，支持对比不同处理不适用字符方法的效果。 文件详解 核心数据文件：...
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系统发育信号与噪声数据集
2025年12月19日 30 101 7
数据集概述 该数据集围绕系统发育实验设计目标展开，聚焦于预测数据集解析系统发育树节点的能力。通过理论推导与蒙特卡洛方法，分析两个案例数据集（寄生蜂近期序列与微生物真核生物深度序列）的信号、噪声分布及解析潜力，为系统发育研究提供数据支持。 文件详解 该数据集包含7个PDF格式的补充表格文件，具体说明如下： - 补充表格文件: - Table...
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系统发育似然库数据集
2025年12月7日 30 47 35
数据集概述 该数据集围绕系统发育似然库（PLL）展开，PLL是一个高度优化的应用程序编程接口，用于开发基于似然的系统发育推断和后分析软件，提供数据结构与函数支持相关计算任务。 文件详解 文件名称: suppl.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件类型: 文档文件，占数据集文件总数的百分之百 适用场景 系统发育软件研发:...
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系统发育与群落结构相互作用数据集
2025年12月11日 30 167 95
数据集概述 本数据集围绕系统发育与群落结构的相互作用展开，通过识别生态系统发育聚类或过度分散的分支，评估其性状演化速率差异。结合全球哺乳动物实证数据，验证物种生态共存模式与演化历史的关联，为生态系统发育研究提供方法与数据支持。 文件详解 代码文件（.R格式）： si-4-empirical.R：用于全球哺乳动物实证数据分析的R代码文件...
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系统发育不确定性下贝叶斯模型测试的谱系工作分布数据集
2025年12月22日 30 134 21
数据集概述 本数据集聚焦贝叶斯模型测试中谱系工作分布的研究，针对系统发育不确定性问题，提出扩展广义阶梯式采样（GSS）的方法，通过引入谱系空间的工作分布提升模型比较的准确性，相关方法已整合至BEAST软件。 文件详解 文件名称：Baele_SuppMat.pdf 文件格式：PDF（.pdf）...
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系统发生学背景下基于邻位依赖模型的替换率准确估计数据集
2025年12月11日 30 37 12
数据集概述 本数据集围绕系统发生学中邻位依赖模型（RN95+YpR）展开，包含DNA序列数据及相关附录文档，支持替换率估计研究，可用于检验邻位依赖效应（如CpG超突变率）对模型准确性的影响。 文件详解 ENm001_AR.fa：FA格式文件，包含DNA序列数据，可能用于替换率估计的模型测试或分析...
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系统协同方法主要条款数据集
2025年12月21日 30 180 89
数据集概述 本数据集包含一份关于“系统协同方法主要条款”的PDF文档，围绕系统协同方法的核心内容展开，为理解该方法的理论框架及应用要点提供资料支持。 文件详解 文件名称: Juraev Golibjon Raimjonovich.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
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系统动力学与物理模型动态耦合软件工具开发数据集
2025年11月27日 30 101 100
数据集概述 本数据集为系统动力学与物理模型动态耦合软件工具开发相关的研究数据，包含用于运行文章所述分析的Tinamit源代码、源数据及系统动力学模型脚本，可支持快速、可重复且便于利益相关者使用的模型耦合分析。 文件详解 文件名称: Tinamit-master.zip 文件格式: ZIP（压缩文件格式） 内容说明:...
