找到16个数据集

分类: 公开数据 标签: 古菌

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  • GenBank_2022_03_古菌预训练模型数据

    2026年1月31日 30 150 71

    数据集概述 本数据集为基于GenBank 2022年03月古菌数据构建的预训练模型压缩包，包含1个归档文件，无目录层级结构，主要用于古菌相关的生物信息学训练任务，无训练测试、数据标签或原始处理数据的拆分。 文件详解 文件名称：genbank-2022.03-archaea-k51_0.80_pretrained.zip 文件格式：ZIP...
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  • 环境微生物学补充材料1_黑海厌氧系统微生物脂质生产者研究数据

    2026年1月29日 30 110 8

    数据集概述 本数据集为论文《Discovering hidden archaeal and bacterial lipid producers in a euxinic marine system》的补充材料，包含表格、图表、系统发育树等7个文件，覆盖黑海 euxinic 海洋系统中微生物脂质生产者的相关数据，支持对该环境中潜在微生物类群的研究。...
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  • Data_Based_奶牛瘤胃微生物群落非侵入性样本评估数据

    2026年1月29日 30 162 1

    数据集概述 本数据集围绕奶牛瘤胃微生物群落非侵入性样本替代评估展开，包含瘤胃瘘管直接获取的瘤胃食糜、口腔液、反刍食糜（食团）及粪便样本的微生物群落分析数据。通过5×5拉丁方设计，对五头奶牛在不同脂质补充剂处理下的样本进行qPCR及16S、18S rRNA基因和真菌ITS1扩增子测序，比较不同样本类型与瘤胃食糜的微生物群落差异。 文件详解 序列元数据文件...
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  • GBRAP_Based_古菌与细菌基因组特征机器学习分类数据集

    2026年1月29日 30 40 36

    数据集概述 本数据集用于古菌与细菌的机器学习分类分析，包含通过GBRAP工具计算的77个基因组特征。数据支持识别新型预测性基因组特征，为微生物分类研究提供结构化的基因组特征数据基础。 文件详解 文件名称：dataset_archaea_bacteria.xlsx 文件格式：XLSX...
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  • Archaea_Genome_古菌基因组核心通路编码序列解构数据

    2026年1月28日 30 138 97

    数据集概述 本数据集为古菌基因组核心通路编码序列解构分析结果，包含71种古菌（覆盖不同分类类群与生理类型）的基因组数据及5条核心通路的编码序列分析文件，涉及密码子使用模式、密码子对偏好等研究内容，可用于探究古菌核心通路编码序列的组装策略与共识特征。 文件详解 压缩文件（Archive files） 文件名称：All 71 genomes 5...
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  • Katz_Data_from_原核生物与真核生物域间横向基因转移研究数据

    2026年1月22日 30 208 174

    数据集概述 本数据集聚焦原核生物与真核生物的域间横向基因转移（LGT）研究，通过系统发育组学流程生成13465个单基因树，纳入487种真核生物、303种细菌和118种古菌。重点分析存在-...
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  • Katz_Grant_Based_真核生物系统发育基因组分析及子采样研究数据

    2026年1月20日 30 199 33

    数据集概述 本数据集来自真核生物系统发育基因组分析研究，包含232种真核生物、486种细菌和84种古菌的基因组数据，涉及1554个垂直遗传基因。数据支持五大真核生物分支（变形虫界、 excavata、后鞭毛生物、原始色素体生物、SAR超类群）的关系解析，分析了内共生基因转移（EGT）对系统发育的影响，并验证了位点抽样在系统发育分析中的优势。 文件详解...
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  • Metazoa_LGT_Based后生动物隔离生殖系与域间水平基因转移研究数据

    2026年1月19日 30 150 25

    数据集概述 本数据集用于评估后生动物隔离生殖系对域间水平基因转移（LGT）的影响。通过分析900余种生物（细菌、古菌、真核生物）的单基因系统发育树，识别支持度良好的域间LGT事件，对比隔离生殖系出现前后的LGT模式差异，验证隔离生殖系是否为LGT障碍的假设。数据集包含3个文件，涉及双事件拓扑结构、基因列表及存在缺失比对数据。 文件详解...
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  • Growth_temperatures_Based_21498种微生物生长温度数据集

    2026年1月14日 30 72 29

    数据集概述 本数据集包含21498种微生物（古菌、细菌和真核生物）的物种名称及生长温度信息，同时提供微生物所属域、分类标识符、分类谱系文本及解析后的分类层级（超界、门、纲、目、科、属）等元数据，为微生物学研究提供结构化的生长温度参考数据。 文件详解 温度数据文件 文件名称：temperature_data.tsv 文件格式：TSV...
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  • Pseudo_nitzschia_multistriata_Based_海洋硅藻系统基因组学资源数据

    2026年1月5日 30 172 101

    数据集概述 本数据集是海洋硅藻Pseudo-nitzschia multistriata的系统基因组学资源，包含基于约9000个该硅藻基因构建的系统发育树，以及与古菌、细菌和真核生物主要类群的同源序列（超200万条）的比较数据。每个同源组通过两种不同替代模型构建树，序列ID含分类信息，支持基因进化关系分析。 文件详解 文件名称：treeData.zip...
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  • Saci_Enviro_d2H_Based_Sulfolobus_acidocaldarius脂质氢同位素原始数据

    2025年12月27日 30 84 68

    数据集概述 本数据集为2025年Harris等人发表于AEM的研究原始数据，聚焦模式古菌Sulfolobus acidocaldarius的脂质氢同位素组成，核心内容是反映该古菌生长水相关的同位素特征，可用于古菌生理代谢与环境适应机制研究。 文件详解 文件名称：Saci_environmentalConditions_d2H_rawData.xlsx...
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  • 比利时LUCAS生物点土壤生物多样性采样与eDNA宏条形码协议比较数据集

    2025年12月20日 30 55 2

    数据集概述 该数据集围绕比利时LUCAS生物点土壤生物多样性监测展开，对比2018年LUCAS协议与新开发的国家方法，测试不同采样深度、样本量、子样本数量及引物组合对土壤生物多样性检测的影响。数据集包含交互式Krona分类图表及样本元数据，用于可视化不同采样方案和引物下的类群多样性与相对丰度，为土壤生物多样性监测方法优化提供支持。 文件详解...
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  • 乙酰转移酶_转化酶和分支酸变位酶的水平基因转移数据集

    2025年12月19日 30 57 24

    数据集概述 本数据集包含关于乙酰转移酶（GNAT）、转化酶（INV）和分支酸变位酶（CM）三种基因从不同细菌向多样受体（包括植物寄生线虫等真核生物和古菌）进行水平基因转移（HGT）的研究相关图片文件，为验证基因水平转移事件及进化分析提供可视化支持。 文件详解 该数据集包含五个JPG格式的图片文件，具体如下： - 文件名称：Figure...
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  • 真核生物染色体结构维持蛋白_SMC_泛在性与进化数据集

    2025年12月13日 30 207 50

    数据集概述 本数据集围绕真核生物染色体结构维持蛋白（SMC）的泛在性与进化展开，包含SMC蛋白序列、系统发育树及相关辅助蛋白列表等数据，支持对真核生物SMC家族进化机制的研究。 文件详解 README.pdf：PDF格式文档，可能包含数据集的整体说明、文件结构及使用指南 Sequence_files.zip：压缩文件，包含SMC蛋白相关的序列数据...
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  • 细菌与古菌功能系统预测的时空基因组分析数据集

    2025年12月10日 30 150 101

    数据集概述 本数据集为"细菌与古菌功能系统预测的时空基因组分析"研究的补充数据，包含多种格式的文件，涵盖基因组数据压缩包、实验数据表、研究图表、序列文件及系统发育树等，为相关基因组分析提供支持。 文件详解 该数据集包含33个文件，具体说明如下： - 压缩包文件（.tgz格式，共17个）： -...
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  • 嗜热球菌科tRNA基因注释数据集

    2025年12月6日 30 142 9

    数据集概述 本数据集围绕嗜热球菌科古菌tRNA基因展开，通过手动注释20个完整基因组的tRNA基因集，验证GtRNAdb预测结果的准确性，区分经典与非经典tRNA基因，并提出优化tRNA基因预测的方法，为古菌tRNA基因集研究提供数据支持。 文件详解 该数据集包含9个文件，具体说明如下： - 工作流与输出文件： -...
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