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人类RNA结构预测突变谱数据集
2025年12月10日 30 11 3
数据集概述 该数据集提供了支撑humanRNAmap.wi.mit.edu平台结构预测流程的突变谱数据，为平均三次重复实验的结果，以标准bedGraph格式存储。数据集包含压缩文件和基因注释文件，为研究人类RNA结构与突变特征的关联提供数据基础。 文件详解 mutational_profiles.zip：压缩文件，可能包含核心突变谱数据文件...
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中性粒细胞样细胞中Rac抑制剂_PIP3模型时空动力学拟合数据集
2025年12月16日 30 39 23
数据集概述 本数据集包含用于将Rac激活与抑制的机制模型联合拟合到中性粒细胞样HL-60细胞中时间序列和空间Rac活性数据的代码和数据。模型整合了Rac自放大、通过假定抑制剂的负反馈及PIP3的上游调控，优化基于Python实现的耦合PDE-ODE系统的差分进化算法。 文件详解 文件名称: Fitting Code.zip 文件格式: ZIP压缩包...
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蛋白质分子动力学模拟远程变构相互作用神经关系推理数据集
2025年12月15日 30 208 143
数据集概述 本数据集为论文“Neural relational inference to learn long-range allosteric interactions in proteins from molecular dynamics...
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数据16S核糖体RNA基因口腔序列数据集
2025年12月13日 30 106 95
数据集概述 本数据集包含人类口腔细菌和古菌完整基因组中的16S rRNA基因数量及其变体信息，涵盖3192个口腔细菌和191个口腔古菌的完整基因组，可通过提供的Python脚本按分类学筛选序列并计算分类群的基因数平均值。 文件详解 序列数据文件: bacteria_genes.fasta、archaea_genes.fasta:...
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显微镜图像分析课程2109年9月siRNA筛选图像数据集
2025年12月13日 30 194 136
数据集概述 该数据集包含2109年9月显微镜图像分析课程中siRNA筛选实验的图像数据，含三百八十张DAPI染色的HeLa细胞核荧光图像，采集自三百八十四孔板的四十二孔，每孔经siRNA处理，以十倍放大倍数通过Olympus ScanR系统获取。 文件详解 该数据集包含以下文件： -...
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基于基因组数据的全贝叶斯比较系统地理学数据集
2025年12月11日 30 88 76
数据集概述 该数据集包含基于基因组数据的全贝叶斯比较系统地理学研究相关文件，涉及新方法ecoevolity的开发与验证，以及对菲律宾壁虎岛屿种群基因组数据的应用分析，旨在解决生物多样化研究中群落尺度共分化过程的推断问题。 文件详解 文件名称: supporting-information.pdf 文件格式: PDF 内容说明:...
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变构杠杆原理的弹性网络结构数据集
2025年12月11日 30 109 97
数据集概述 该数据集包含文章《Allosteric Lever: Toward a Principle of Specific Allosteric Response》所用的蛋白质及人工网络（“假蛋白”）的所有弹性网络结构数据，支持弹性网络模型参数化，可结合配套Python代码使用。 文件详解...
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GenePT_Gene_Embeddings_Based_基因与细胞基础模型完整嵌入数据
2025年12月11日 30 29 6
数据集概述 该数据集包含人类基因的NCBI及UniProt（如适用）摘要文本，以及基于这些摘要通过OpenAI的text-embedding-ada-002和text-embedding-3-large模型生成的基因嵌入数据，为基因与细胞基础模型GenePT提供支持。 文件详解 文件名称: NCBI_summary_of_genes.json...
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螺旋动物系统发育与箭虫分类地位数据集
2025年12月9日 30 163 90
数据集概述 本数据集包含基于转录组测序的多基因系统发育研究数据，旨在阐明箭虫（毛颚动物）的分类地位，核心结论为箭虫与轮虫同属颚口动物类群，并提出螺旋动物内新的"蠕虫类"分支（环节动物、扁形动物和纽形动物）。数据涵盖系统发育重建的比对文件与原始输出文件。 文件详解 原始基因家族比对文件：alis.tgz（TGZ格式），包含每个基因家族的原始比对数据...
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MAGE队列基因水平等位基因特异性表达数据集
2025年12月9日 30 20 12
数据集概述 本数据集为MAGE队列的基因水平等位基因特异性表达（ASE）数据，通过聚合变异和单倍型水平的ASE生成，用于研究基因表达的等位基因差异。 文件详解 文件名称: PejLab/ASE_Data-preprint-aseQC.zip 文件格式: ZIP压缩包（.zip） 内容说明:...
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语音特征分析与基因组学关联数据集
2025年12月8日 30 51 8
数据集概述 该数据集包含一个基于图的路径查找算法，用于检测语音链的链环基因，以连接染色体微缺失区域中的基因与FOXP2基因。数据集附带多个README文件提供使用说明，代码适用于Linux平台。 文件详解 README.pdf: PDF格式文档，包含数据集使用说明，如算法运行步骤、代码配置要求等。 profiling-genomics-code-...
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蛋白质构象空间探索数据集20240916_v1
2025年12月8日 30 153 77
数据集概述 本数据集围绕基于GoMartini 3描述符的高效TlCA特征集，探索蛋白质构象空间，包含相关文档与代码文件，为蛋白质结构分析提供支持。 文件详解 Supplementary.pdf: PDF格式文档，可能包含研究背景、方法细节或补充分析等内容 CODE.tar.xz: XZ压缩格式的代码包，可能包含用于数据处理或构象空间分析的源代码...
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DNA和RNA双链六核苷酸尺度序列依赖性形状与刚度参数数据集
2025年12月5日 30 125 50
数据集概述 该数据集包含所有DNA和RNA六核苷酸序列的序列依赖性形状参数及谐波刚度参数，同时提供用于可视化检查的坐标与刚度热图，以及实现深度优先搜索算法的Python脚本和从MD数据生成模型参数CSV文件的脚本集。 文件详解 该数据集由四个独立文件组成，具体说明如下： - 核心数据文件: - hexamers_csv.zip:...
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AlphaFold3抗体与纳米抗体基准测试数据集_更新版
2025年12月4日 30 22 2
数据集概述 该数据集为AlphaFold3模型提供抗体与纳米抗体的基准测试数据，包含格式化的晶体结构及AF3、Boltz-1、Chai-1预测结构的PDB文件，同时涵盖数据集元数据（如PDB ID、重链、轻链及抗原序列）。 文件详解 文件名称：revised_Compiled_Benchmark_Data.zip 文件格式：ZIP压缩包（.zip）...
