数据集概述
本数据集包含复现Accumulibacter菌糖酵解途径分析所需的全部数据、输入文件、脚本及函数，支持相关代谢通路研究的可重复性验证，同时提供Python环境配置说明。
文件详解
该数据集包含二十三个文件，按类型分类如下：
- 数据文件（8个）：
- input_metabolite_ranges_default.csv：CSV格式，含代谢物缩写、keggID、浓度上下限等字段
- input C13 data.xlsx：Excel格式，碳十三标记数据
- input physiologic data during labeling.xlsx：Excel格式，标记过程生理数据
- input_proteomics.xlsx：Excel格式，蛋白质组学数据
- data typical anaerobic phase.xlsx：Excel格式，典型厌氧阶段数据
- input_MW_values.csv：CSV格式，含蛋白质分子量数据
- input_data_bioreactor.csv：CSV格式，生物反应器数据
- input_proteomics.xlsx：Excel格式，蛋白质组学输入数据
- 代码文件（12个）：
- 9个Jupyter Notebook脚本（.ipynb格式）：如script_03_plotting_labeling_data.ipynb（标记数据绘图）、script_07_MDF_pathways.ipynb（代谢途径分析）等
- 3个Python函数文件（.py格式）：如equilibrator_custom_functions.py（平衡器自定义函数）、custom_plot_functions.py（绘图函数）等
- 配置文件（1个）：
- cobra_and_equilibrator.yml：YAML格式，Python环境配置文件
- 文档文件（2个）：
- REPRODUCIBILITY_GUIDE.pdf：PDF格式，复现指南
- Methods expanded.docx：Word格式，扩展方法说明
数据来源
GitHub仓库（https://github.com/kolavarria/NTS_pathway）
适用场景
- 微生物代谢研究：分析Accumulibacter菌糖酵解途径的代谢特征
- 生物信息学分析：复现代谢通量、标记数据绘图等生物信息学流程
- 代谢工程应用：研究微生物代谢途径的调控机制
- 计算生物学教学：作为代谢建模与数据分析的实践案例
- 学术研究验证：支持相关代谢通路研究结果的可重复性验证
