数据集概述
本数据集为辐鳍鱼类（Actinopterygii）的综合系统发育研究数据，基于转录组和基因组数据构建，覆盖303个物种、66个目，包含1105个直系同源外显子序列（>0.5 Mb）。数据用于解决硬骨鱼类系统发育关键节点的不确定性，支持主要鱼类谱系起源的化石校准时间分析，共含6个文件。
文件详解
- 压缩文件组（.zip格式）：共5个压缩包，包含系统发育分析相关的核心数据与脚本
- MCMCTreeFiles.zip：MCMCTree分析相关文件，用于时间校准与系统发育树构建
- TreeFiles.zip：系统发育树文件，存储不同分析得到的鱼类进化树结构
- Alignments.zip：序列比对文件，包含1105个直系同源外显子的比对数据
- Scripts.zip：分析脚本文件，用于数据处理与系统发育推断的代码
- GGI-Constraint-Trees.zip：约束树文件，用于系统发育假设检验的参考树结构
- 表格文件（.xlsx格式）：1个Excel文件
- BGI-Sequencing-Results.xlsx：BGI测序结果表，记录基因组/转录组测序相关数据
数据来源
论文“Comprehensive phylogeny of ray-finned fishes (Actinopterygii) based on transcriptomic and genomic data”
适用场景
- 鱼类系统发育研究：用于构建辐鳍鱼类的高分辨率进化树，解决关键节点的系统发育关系争议
- 基因组进化分析：研究全基因组复制事件对鱼类基因树的影响，识别无 paralogy 的基因位点
- 生物多样性起源研究：结合化石校准数据，分析主要鱼类谱系的起源时间与演化历程
- 分子系统学方法验证：测试基因组规模数据在系统发育推断中的有效性与准确性
- 进化生物学教学：作为辐鳍鱼类系统发育研究的案例数据，支持相关课程的实践教学
