数据集概述
本数据集为论文“海葵(Aiptasia)抗生素暴露后菌群耗竭与恢复”的配套实验数据,包含微生物组分析元数据、菌落形成单位(CFU)计数及生理指标(总蛋白含量、足盘裂殖数、藻类丰度)三类数据,共3个文件,支持海葵菌群与生理响应的关联研究。
文件详解
- 16smetadata.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:用于DADA2分析流程的微生物组元数据文件,包含与16S rRNA测序相关的样本信息。
- cfu-counts-2022-01-20-modified.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含样本编号(SAM_ple_num)、计数日期(date_counted)、实验天数(day)、描述(description)、处理组(treatment)、时间点(timepoint)、变量类型(variable)、CFU值(value)等字段。
- physio-2022-01-20.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含处理组(treatment)、孔号(well_nr)、样本编号(sample_nr)、日期(date)、时间点(timepoint)、描述(description)、变量类型(variable,如总蛋白、藻类丰度、足盘裂殖数)、测量值(value)、标准差(std_dev)等字段。
数据来源
论文“Microbiome depletion and recovery in the sea anemone, Aiptasia, following antibiotic exposure”
适用场景
- 海洋无脊椎动物微生物组研究: 分析海葵在抗生素暴露下的菌群结构变化及恢复动态。
- 微生物-宿主互作分析: 关联菌群耗竭/恢复与宿主生理指标(如足盘裂殖、藻类丰度)的响应关系。
- 抗生素生态效应评估: 评估抗生素对海洋生物共生菌群的短期干扰及长期恢复能力。
- 微生物组数据分析方法验证: 作为DADA2流程的元数据示例,支持微生物组测序数据处理方法的测试与优化。