数据集概述
本数据集基于GeoMx数字空间分析技术，针对三名癌症免疫功能低下患者的组织样本，通过全转录组测序及数据处理，生成SARS-CoV-2感染相关的肠道上皮局部炎症空间转录组数据，包含样本元数据、标准化矩阵及过滤后数据集。
文件详解
- 样本元数据文件：
- patient_sample_names_metadata.csv（CSV格式）：包含患者样本名称及相关元数据信息
- 标准化矩阵文件：
- CD45_5_vsn_matrix.csv（CSV格式）：CD45阳性区域AOI的方差稳定标准化（VSN）转录组数据矩阵
- PanCK_5_vsn_matrix.csv（CSV格式）：PanCK阳性区域AOI的方差稳定标准化（VSN）转录组数据矩阵
- 过滤后数据集文件：
- PanCK_5_percent_target_segment_filtered.csv（CSV格式）：PanCK阳性区域AOI经5%基因表达过滤后的转录组数据
- CD45_5_percent_target_segment_filtered.csv（CSV格式）：CD45阳性区域AOI经5%基因表达过滤后的转录组数据
适用场景
- 癌症免疫功能低下患者SARS-CoV-2感染肠道炎症机制研究
- 空间转录组技术在病毒感染组织局部免疫反应分析中的应用
- 免疫细胞（CD45阳性）与上皮细胞（PanCK阳性）转录组差异比较
- 病毒感染相关肠道上皮炎症生物标志物筛选
