数据集概述
本数据集针对安娜蜂鸟(Calypte anna)的肠道微生物组进行分析,通过16S rRNA基因扩增子测序,探究其粪便与肠道不同部位微生物组的差异,以及性别、年龄、痘病毒感染状态等宿主因素对微生物组成的影响,包含4个相关文件。
文件详解
- Readme.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含研究背景、实验方法、数据处理流程等信息
- seqtab.nochim.rds
- 文件格式:RDS
- 字段映射介绍:去噪后的扩增子序列变体(ASV)表格,记录各样本中ASV的丰度信息
- taxa_reorder.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含微生物分类信息,字段有Kingdom(界)、Phylum(门)、Class(纲)、Order(目)、Family(科)、Genus(属)、ASV(扩增子序列变体编号)、Sequence(序列)
- HummingbirdSamps.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:样本元数据表格,字段有Date(采样日期)、Site(采样地点)、SampleNo(样本编号)、SampleName(样本名称)、Species(物种)、Age(年龄)、Sex(性别)、SampleType(样本类型)、DNA: ng/mL(DNA浓度)、A260/A280(核酸纯度)、Mites(螨虫感染情况)、Pox(痘病毒感染情况)、Wing(翅长)、Beak(喙长)、Weight(体重)、Molt(换羽情况)、Fat(脂肪量)、Notes(备注)
适用场景
- 野生动物肠道微生物组结构研究: 分析安娜蜂鸟肠道不同部位与粪便微生物组的组成差异
- 宿主因素对微生物组的影响分析: 探究性别、年龄、痘病毒感染等因素与微生物组成的关联
- 微生物分类学研究: 通过taxa_reorder.csv中的分类信息,解析蜂鸟肠道微生物的分类组成
- 野生动物生理学与健康评估: 利用微生物组数据关联宿主生理指标,评估蜂鸟健康状态