数据集概述
本数据集基于低覆盖度基因组数据，探究澳大利亚东部雨林特有榕小蜂Pleistodontes nigriventris的种群分化与基因流历史，通过bSFS和PSMC两种方法分析南北种群的演化过程，支持其约19.6万年前分化、5.7万年前发生基因交流的结论。
文件详解
- 代码与分析文件：
- Cooper_et_al_SI.nb：Mathematica格式，用于Cooper et al 2020研究中的块分析
- twoEADnRXTsimpSortλy2N.m、twoEnRXTsimpλySort.m等4个.m格式文件：数学计算脚本
- block_cutter_vcf_contig_pos_LC.py：Python格式，VCF文件处理脚本
- Block_Cutter_VCF_LC_Commands.sh：Shell格式，命令行执行脚本
- 输入输出文件：
- FW_POL_387_mathematica_ready_output.txt：文本格式，块分析输入数据，包含数值矩阵
- 参考文档：
- Lohse_et_al2016_File_S1_Overview_and_definitions_20_11_2018.nb：Mathematica格式，生成函数推导自动化文档
- Cooper_et_al_SI.pdf：PDF格式，补充说明文档
- 说明文件：
- README.txt：文本格式，数据集内容说明
适用场景
- 种群遗传学研究：分析非模式生物的种群分化时间与基因流模式
- 进化生态学研究：探究地理隔离（如干旱走廊）对物种演化的影响
- 基因组学方法应用：验证低覆盖度基因组数据在小样本非模式生物中的分析效力
- 协同演化研究：对比榕小蜂与其寄主榕树的种群历史一致性
