数据集概述
本数据集聚焦丹麦奥德尔河海洋与淡水三刺鱼(Gasterosteus aculeatus)的基因与表型分化研究,包含96个SNP位点、Eda基因、分子性别鉴定及形态特征数据,分析基因流对淡水适应的影响,涉及遗传结构、扩散模式及选择标记等内容,共7个文件。
文件详解
- 空间自相关分析文件(Excel格式)
- 文件名称:Genalex_spatial_autocorrelation_females.xlsx、Genalex_spatial_autocorrelation_low+partial_plated.xlsx、Genalex_spatial_autocorrelation_males.xlsx、Genalex_spatial_autocorrelation_all.xlsx、Genalex_spatial_autocorrelation_full_plated.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含不同性别(雌性、雄性)、不同侧骨板形态(全骨板、低骨板+部分骨板)及所有个体的空间自相关分析数据,用于揭示种群遗传结构的空间尺度(遗传斑块大小约770米)。
- 基因数据文件
- 文件名称:Genepop_all_SNPs_and_EDA.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含96个SNP位点及影响侧骨板数量的Eda基因的基因分型数据,涉及所有样本的遗传变异信息,其中5个标记(含Eda)可能受分化选择。
- 形态数据文件
- 文件名称:body_shape_coordinates.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含棘鱼体型坐标数据,用于分析河流上游区域体型向淡水型预期方向的变化趋势。
数据来源
论文“Low genetic and phenotypic divergence in a contact zone between freshwater and marine sticklebacks: gene flow constrains adaptation”
适用场景
- 进化生物学研究:分析海洋与淡水棘鱼基因流对淡水适应的制约机制,探讨种群遗传分化与表型分化的关联。
- 种群遗传学分析:利用空间自相关数据研究精细尺度的遗传结构,评估基因斑块大小及扩散模式。
- 表型进化研究:结合体型数据与侧骨板形态频率,探究淡水环境下表型适应性变化的趋势。
- 选择标记分析:通过受选择的SNP及Eda基因标记,识别可能参与淡水适应的遗传位点。
- 性别与形态相关扩散研究:比较不同性别、不同侧骨板形态个体的扩散能力差异,揭示扩散对种群结构的影响。