数据集概述
本数据集为高山拟南芥自然种群的基因组研究数据，涵盖基因组核苷酸变异、选择信号及与气候因子的关联分析结果。通过Pool-Seq技术获取五个自然种群的两百万余个SNP，识别高分化基因组区域，并结合环境因子进行关联分析，挖掘适应性相关基因，为高山植物环境适应机制研究提供支撑。
文件详解
- 脚本文件：
- 文件名称：MACH.pl
- 文件格式：.pl
- 字段映射介绍：用于从popoolation2 .sync文件中提取主要等位基因序列的脚本，输入为.sync文件和基因坐标文件，输出为每个种群的基因序列fasta文件，需确保种群数量与生成.sync文件时一致，基因坐标文件为制表符分隔格式。
- 说明文档：
- 文件名称：README_for_MACH.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：MACH.pl脚本的使用说明文档，包含输入输出要求、参数设置及注意事项。
- 说明文档：
- 文件名称：README_for_Aha_09_11_19_21_31_rc.docx
- 文件格式：.docx
- 字段映射介绍：数据集相关的详细说明文档，内容未具体展开。
- 数据文件：
- 文件名称：Aha_09_11_19_21_31_rc
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：数据集核心数据文件，具体内容未详细说明。
数据来源
论文“Population genomic footprints of selection and associations with climate in natural populations of Arabidopsis halleri from the Alps”
适用场景
- 植物适应性进化研究：分析高山拟南芥自然种群基因组选择信号，探究其对高山环境的适应机制。
- 气候关联基因组学分析：研究基因组变异与气候因子的关联，识别环境适应性相关基因。
- 种群遗传学研究：利用SNP数据解析种群遗传结构、基因流及遗传多样性。
- 植物分子生态学研究：结合基因组数据与环境因子，揭示植物与环境互作的分子基础。
- 生物信息学方法应用：基于Pool-Seq数据的分析流程优化与验证，如等位基因提取、选择信号检测等。
