数据集概述
本数据集包含拟南芥近亲Arabidopsis lyrata的19个候选开花时间基因(CAND)和19个参考基因(REF)的变异数据,涉及9个种群。数据用于研究冰后期殖民过程中光周期通路基因的种群特异性适应选择模式,体现不同种群(如西北欧殖民种群与中欧种群)的选择差异。
文件详解
- 文档类文件(TXT格式)
- 文件名称:README.txt、9POP_FLK_ENVELOPE.txt、5POP_FLK_ENVELOPE.txt、9POP_FLK_CAND_REFTREE_RESULTS.txt、5POP_FLK_CAND_REFTREE_RESULTS.txt
- 内容说明:README.txt含数据基本信息;ENVELOPE.txt文件包含Ht、q0.005等统计量;RESULTS.txt文件记录FLK分析结果
- 数据输入类文件(DAT格式)
- 文件名称:5POP_FLK_biallelicSNP_REF_INPUT.dat、5POP_FLK_biallelicSNP_CAND_INPUT.dat、9POP_FLK_biallelicSNP_CAND_INPUT.dat、9POP_FLK_biallelicSNP_REF_INPUT.dat
- 内容说明:FLK分析的双等位基因SNP输入数据,区分5种群/9种群、候选基因/参考基因
- 表格类文件(XLSX格式)
- 文件名称:9POP_MLHKA_INPUTS.xlsx、SP_MLHKA_neutral_INPUT.xlsx
- 内容说明:MLHKA分析的输入数据,包含9种群及中性基因相关输入信息
数据来源
论文“Selection for population specific adaptation has shaped patterns of variation in the photoperiod pathway genes in Arabidopsis lyrata during post glacial colonization”
适用场景
- 植物种群遗传学研究: 分析Arabidopsis lyrata不同种群的基因变异模式与选择压力
- 光周期通路适应性进化分析: 研究光周期基因在冰后期殖民过程中的种群特异性适应机制
- 基因选择信号检测: 利用FLK、MLHKA等分析方法识别候选基因的正选择信号
- 物种殖民历史重建: 通过基因变异数据推断Arabidopsis lyrata的冰后期殖民路径与适应策略