数据集概述
本数据集为矮槲寄生属(Arceuthobium)种群基因组研究数据,包含通过RAD-sequencing技术获取的SNP数据及相关分析文件,覆盖北美和墨西哥不同宿主上的矮槲寄生样本,用于研究其系统发育分类、宿主特异性及地理因素对遗传结构的影响。
文件详解
- 文件名称:1_Arceuthobium_sample_info.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含矮槲寄生样本的基础信息,如采样位置、宿主种类等
- 文件名称:2_Ipyrad_Output_SNP_variant_genotype_data.vcf.gz
- 文件格式:VCF.GZ
- 字段映射介绍:RAD-sequencing产出的单核苷酸多态性(SNP)基因型数据压缩文件
- 文件名称:3_Phylogeny_alignment.phy
- 文件格式:PHY
- 字段映射介绍:用于系统发育分析的序列比对文件
- 文件名称:4_genetic_distance_matrix_bitwise.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:基于位运算的遗传距离矩阵数据,包含不同样本间的遗传差异统计
- 文件名称:5_geograhpic_distacne_matrix.tab.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:样本间地理距离矩阵数据,用于隔离距离分析
适用场景
- 寄生植物系统发育研究:通过系统发育分析明确矮槲寄生属的分类关系
- 宿主-寄生虫协同进化分析:探究矮槲寄生与针叶树宿主间的协同进化动态
- 种群遗传结构研究:分析地理因素和宿主特异性对矮槲寄生遗传结构的影响
- 农业害虫防控研究:为矮槲寄生这一重要林业害虫的防控提供遗传基础数据
- 生物多样性保护:支持对矮槲寄生属物种界定及多样性保护策略的制定