数据集概述
本数据集为青篱竹族（Arundinarieae）叶绿体系统基因组学分析数据，涵盖25个物种（22种温带木本竹类和3个外类群）的全基因组或部分基因组序列，旨在解析该类群11个主要支系的深层系统发育关系。数据包含矩阵、序列比对及补充图表等三类压缩文件，可用于研究植物低分类阶元的系统发育问题。
文件详解
- Data matrices.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容介绍：包含叶绿体基因组系统发育分析所用的数据矩阵文件，用于构建系统发育树。
- Sequence Alignment.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容介绍：包含25个物种的叶绿体基因组序列比对文件，涵盖编码区、非编码区及不同基因组区域的比对结果。
- Supplemental_Tables_Figures.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容介绍：包含支持系统发育分析的补充表格和图表文件，如分区方案、节点支持值、插入缺失（indels）信息等。
数据来源
论文“Chloroplast phylogenomic analyses resolve deep-level relationships of an intractable bamboo tribe Arundinarieae (Poaceae)”
适用场景
- 植物系统发育研究：解析青篱竹族11个主要支系的深层系统发育关系，验证快速辐射类群的分类地位。
- 叶绿体基因组进化分析：比较编码区与非编码区、不同基因组区域的序列分歧率及系统发育信号。
- 数据分区方案优化：评估不同数据分区策略对系统发育树拓扑结构和节点支持度的影响。
- 疑难类群系统发育解析：探索叶绿体基因组学在解决低分类阶元（如族、属级）植物系统发育问题中的应用。
