数据集概述
本数据集包含71个Asgardarchaeota新谱系的宏基因组组装基因组（MAGs）及其相关注释和分析文件，旨在研究终止密码子重编码对其代谢潜力的影响。数据涵盖基因组序列、基因注释、系统发育树等内容，支持对Sifarchaeia和Jordarchaeia两个新类群的代谢特征、密码子重编码机制及脂质合成能力的分析，为理解古菌与真核生物的亲缘关系提供数据基础。
文件详解
- 00.description of MAGs.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含71个Asgardarchaeota MAGs的描述信息，可能涵盖样本来源、基因组基本特征等元数据。
- 01.MAGs.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含71个MAGs的原始contigs序列文件（.fa格式），记录基因组的核苷酸序列信息。
- 02.MAG_genes.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含每个MAG的Prokka注释输出文件（.faa格式），记录翻译后的CDS/蛋白质序列信息。
- 03.trees.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含研究中使用的Newick格式系统发育树文件，对应论文中的主图和补充图。
- 04.Prokka_annotations.tar.gz
- 文件格式：TAR.GZ
- 字段映射介绍：包含71个Asgardarchaeota基因组的Prokka完整注释文件，提供基因功能注释的详细信息。
数据来源
论文“Recoding of stop codons expands the metabolic potential of two novel Asgardarchaeota lineages”
适用场景
- 古菌基因组代谢潜力分析：研究Asgardarchaeota新谱系的异养、产乙酸代谢途径及甲基化合物利用机制。
- 密码子重编码机制研究：分析终止密码子重编码对硒代半胱氨酸（Sec）和吡咯赖氨酸（Pyl）掺入的影响及其代谢功能。
- 微生物系统发育分析：利用系统发育树文件探讨Asgardarchaeota新谱系的分类地位及与真核生物的亲缘关系。
- 古菌脂质合成研究：验证Sifarchaeia和Jordarchaeia的酯类脂质合成能力，支持混合醚-酯脂质为Asgardarchaeota共有特征的假说。
- 微生物基因组注释应用：基于Prokka注释文件开展基因功能预测和代谢通路重建。
