数据集概述
本数据集为硬骨鱼类成对鳍丢失宏观进化研究的自动化整合数据，包含12582个物种的胸鳍和腹鳍有无特征数据。通过整合Phenoscape知识库的表型数据与Open Tree of Life的系统发育树，结合本体推理和系统发育传播方法填补缺失数据，最终记录胸鳍独立丢失至少19次、腹鳍48次及部分类群的鳍重新获得现象，共16个相关文件。
文件详解
- 文档类文件（.docx格式，6个）
- 文件名称：Supplementary Materials Table 2.docx、Supplementary Materials Table 4.docx、Supplementary Materials Table 1.docx、Supplementary Materials Table 3.docx、Supplementary Materials Table 5.docx等
- 内容：研究相关的补充表格，包含数据统计、分析结果等结构化信息
- 文本类文件（.txt格式，5个）
- 文件名称：README.txt、Supplementary Materials Matrix 3.txt、Supplementary Materials Matrix 2.txt、Supplementary Materials Matrix 4.txt、Supplementary Materials Table 2.txt
- 内容：README说明文档、特征矩阵文本、表格文本等，其中矩阵文件记录物种鳍特征的有无数据
- 系统发育文件（.nex格式，2个；.tre格式，1个）
- 文件名称：Supplementary Materials File 4.nex、Supplementary Materials File 3.nex、Supplementary Materials File 1.tre
- 内容：系统发育树数据，用于物种进化关系分析
- 压缩文件（.gz格式，1个）
- 文件名称：Supplementary Materials File 2.gz
- 内容：压缩存储的补充材料文件
- XML文件（.xml格式，1个）
- 文件名称：Supplementary Materials Matrix 1.xml
- 内容：特征矩阵的XML格式数据，包含物种与鳍特征的结构化映射
数据来源
论文“Automated integration of trees and traits: a case study using paired fin loss across teleost fishes”
适用场景
- 宏观进化模式研究：分析硬骨鱼类成对鳍丢失与重新获得的进化规律及类群分布
- 系统发育数据整合方法验证：测试本体推理、系统发育传播等数据填补方法的效果
- 生物特征进化机制探索：针对鳗鲡目等类群的鳍重新获得现象，开展遗传与发育机制研究
- 鱼类形态进化数据库构建：为鱼类表型与系统发育整合数据库提供标准化数据范例
- 进化生物学研究工具开发：为宏观进化数据自动化整合工具提供测试数据集
