数据集概述
本数据集是AutoNetCan自动化网络服务器的案例研究数据,包含生物分子节点获取、富集分析、网络构建、逻辑规则、网络指标及多癌种(如乳腺、肺、卵巢等)的临床与实验数据,为转化癌症系统生物学研究提供支持。
文件详解
该数据集由多个目录和文件组成,具体说明如下:
- 核心数据文件(CSV格式为主):
- pathway_information.csv:分布于各Node Enrichment目录下,记录基因富集分析的通路信息
- Cytoscape.csv:位于Logical Rules目录,包含节点间相互作用数据,字段有Source Node、Target Node、Interaction Type等
- Global_Metrics.csv:位于Network Metrics目录,记录网络全局指标,字段包括num_nodes、num_edges、density等
- 文档说明文件(TXT格式):
- readme.txt:分布于Clinical Trials、Experimental Therapies等目录,提供数据说明
- TISON_Rules.txt:位于Logical Rules目录,记录基因逻辑规则表达式
- 对比分析文件(XLSX格式):
- Comparison_of_Nodes_Breast_Cancer.xlsx:位于Case Study Comparison目录,对比乳腺癌节点数据
- Comparison_of_Edges_Breast_Cancer.xlsx:位于Case Study Comparison目录,对比乳腺癌边数据
适用场景
- 癌症系统生物学研究:分析不同癌种(乳腺、肺、卵巢等)的生物分子网络特征
- 基因富集分析:探究差异表达基因、突变频率基因在通路中的富集情况
- 临床转化研究:关联生物分子网络与临床实验、FDA批准药物数据
- 网络生物学分析:计算和比较生物分子网络的拓扑结构与全局指标
- 逻辑规则挖掘:基于基因互作数据构建和验证癌症相关的逻辑规则模型