数据集概述
本数据集围绕鸟类冠群辐射时间的争议展开,通过线粒体基因组和18基因核数据集,结合不同校准策略与编码方法,分析K-Pg边界前后鸟类分化模式的潜在驱动因素,包括时钟模型、校准机制、基因类型及替代模型误设等影响,共包含21个文件。
文件详解
- .tre文件(共16个,占比76.19%)
- 示例文件:
exons_clock.tre、mt12ry.tre、exons_mtry_anat.tre、introns_one.tre、mt12ry_clock.tre、exons.tre
- 文件格式:TRE(系统发育树文件)
- 内容说明:记录不同分析策略下的鸟类系统发育树结构,包含分化时间节点、分支关系等演化分析结果
- .xml文件(共5个,占比23.81%)
- 示例文件:
exons_mt12ry_anat.xml、Exons.xml、introns.xml、mt12ry.xml、mt12.xml
- 文件格式:XML(元数据/配置文件)
- 内容说明:存储分析所用的校准策略、编码方法、数据集参数等元数据信息,支持演化分析的可重复性
数据来源
论文“Avian diversification patterns across the K-Pg boundary: influence of calibrations, datasets and model misspecification”
适用场景
- 鸟类演化时间校准研究:分析不同校准策略对冠群鸟类辐射时间估计的影响
- 分子演化模型验证:探究线粒体与核基因数据集、不同编码方式(NT/RY)对分化时间推断的作用
- K-Pg边界生物演化分析:研究鸟类在白垩纪-古近纪边界前后的分化模式与环境关联性
- 系统发育方法评估:验证时钟模型、替代模型误设对演化树结构及分化时间估计的干扰机制