数据集概述
本数据集包含加勒比鹿角珊瑚(Acropora palmata)及其共生甲藻(Symbiodinium 'fitti')的基因型数据,通过13个单倍体微卫星位点解析宿主与共生体的个体基因型,覆盖物种全分布范围,揭示宿主-共生体种群遗传结构差异及基因流特征,为珊瑚礁生态系统适应环境胁迫的潜力研究提供基础数据。
文件详解
- README文档
- 文件名称:README_for_BaumsEtAl_14_DRYAD_Sfitti_genotypes.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:说明数据集背景,包含Symbiodinium 'fitti'的13个单倍体微卫星位点多位点基因型数据,提及微卫星基因分型的可靠性及影响因素。
- 基因型数据文件
- 文件名称:BaumsEtAl_14_DRYAD_Sfitti_genotypes.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:存储共生甲藻Symbiodinium 'fitti'的基因型核心数据。
- Structure分析文件
- 文件名称:BaumsEtAl_14_DRYAD_Structure_mainparams、BaumsEtAl_14_DRYAD_StructureInputFile
- 文件格式:无扩展名
- 字段映射介绍:包含Structure软件分析的主参数配置文件及输入文件,用于种群遗传结构分析。
- 网络分析文件
- 文件名称:BaumsEtAl_14_DRYAD_NetworkOutfile.out、BaumsEtAl_14_Network_InputFile.ych
- 文件格式:OUT、YCH
- 字段映射介绍:网络分析的输入文件与输出结果,用于解析基因型间的网络关系。
数据来源
论文“New insights into the dynamics between reef corals and their associated dinoflagellate endosymbionts from population genetic studies”(DRYAD数据库)
适用场景
- 珊瑚-共生体种群遗传结构研究: 分析宿主珊瑚与共生甲藻的基因型分布及种群分化特征。
- 宿主-共生体基因流比较: 基于基因流数据揭示宿主与共生体种群遗传结构差异的形成机制。
- 珊瑚礁适应环境胁迫潜力评估: 探究基因型互作对珊瑚礁生态系统适应环境变化的影响。
- 微卫星基因分型方法验证: 参考文档中微卫星基因分型的可靠性及影响因素分析,优化相关实验设计。
- 共生体有性繁殖研究: 基于重组基因型数据验证共生甲藻在宿主体内的有性重组现象。