数据集概述
本数据集为三刺鱼(Gasterosteus aculeatus)种群基因组分化研究的相关数据,包含对温哥华岛三个湖溪种群的部分基因组数据,使用BEDASSLE软件分析地理隔离(IBD)、环境隔离(IBE)及物理屏障对基因组分化的影响,支持IBD和IBE作用,并探讨非随机扩散的贡献。
文件详解
- 元数据文件(CSV格式)
- 文件名称:Metadata_Comida.csv、Metadata_Roberts.csv、Metadata_Farewell.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含fish_id(鱼ID)、Barcode(条形码)、Year(年份)、Lake_stream(湖/溪)、distance(距离)、habitat(栖息地)、pair(种群对)、site(位点)、sex(性别)、mass(质量)、sl(体长)、bd(体宽)等表型与采样信息
- 说明文档
- 文件名称:README.txt、README_for_Bedassle_Data_Files_Evolution.rtf
- 文件格式:TXT、RTF
- 内容介绍:提供数据集的背景说明、数据处理方法及BEDASSLE分析相关的使用指南
- 分析数据压缩包
- 文件名称:Bedassle_Data_Files_Evolution.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容介绍:包含用于BEDASSLE软件分析的基因组分化相关数据文件
数据来源
论文“Partitioning the effects of isolation by distance, environment, and physical barriers on genomic divergence between parapatric threespine stickleback”
适用场景
- 种群基因组分化机制研究:分析地理隔离、环境隔离及物理屏障对三刺鱼种群基因组分化的相对贡献
- 进化生物学分析:探讨非随机扩散(如栖息地选择)在微地理尺度遗传分化中的作用
- 表型与基因型关联研究:结合元数据中的表型信息与基因组数据,分析表型差异的遗传基础
- 种群遗传软件应用验证:为BEDASSLE等种群遗传分析软件的应用提供实际数据案例