数据集概述
本数据集围绕北美及夏威夷高倍体紫罗兰（堇菜属）展开，通过基因树推断物种网络，解决多倍体系统发育无法用二叉树表示的问题。包含基因扩增数据、拓扑冲突分析及最简约物种网络构建结果，支持多倍体进化研究。
文件详解
- 文件名称: Online_appendix_1_BEAST_input_file.xml
- 文件格式: XML
- 内容说明: BEAST软件的输入文件，用于物种网络的时间校准分析，包含基因序列数据及分析参数设置
- 文件名称: Online_appendix_2_BEAST_output_chronogram.trees
- 文件格式: TREES
- 内容说明: BEAST分析输出的时间树文件，记录了基于化石校准的物种网络时间节点信息
- 文件名称: Online_appendix_3_PADRE analyses.pdf
- 文件格式: PDF
- 内容说明: PADRE分析报告文档，包含拓扑冲突解决方法、物种网络构建结果及多倍体化事件的详细分析
适用场景
- 多倍体植物系统发育研究：分析高倍体紫罗兰的物种网络结构及进化历史
- 基因树与物种树冲突分析：探究基因同源丢失、深度共祖等因素对系统发育推断的影响
- 生物地理学研究：基于时间树数据解析夏威夷紫罗兰的起源与扩散路径
- 进化生物学教学：作为多倍体系统发育分析的案例数据，辅助相关理论教学
