数据集概述
本数据集包含BMAL1转录激活结构域(TAD)与PPIE蛋白相互作用的15N-1H ZZ交换核磁共振实验数据。通过不同时间延迟的ZZ交换实验,研究蛋白质间的动力学特性。数据集包含12个.ft格式的谱图文件,对应12个不同的时间延迟点,时间信息由单独的文本文件记录。化学位移赋值信息可在BMRB数据库中查询。
文件详解
- ZZ交换谱图文件
- 文件名称: ppie01.ft, ppie02.ft, ..., ppie12.ft(共12个文件)
- 文件格式: FT
- 字段映射介绍: 每个.ft文件代表一个特定时间延迟点的核磁共振谱图数据,用于分析15N-1H的磁化矢量交换过程。
- 时间延迟信息文件
- 文件名称: ppietimes.txt
- 文件格式: TXT
- 字段映射介绍: 包含两列数据:name(编号)和time(时间,单位毫秒),具体对应关系为:1-0ms, 2-50ms, 3-100ms, 4-250ms, 5-500ms, 6-750ms, 7-1000ms, 8-1250ms, 9-1500ms, 10-1750ms, 11-2000ms, 12-2500ms, 13-3000ms。
- 辅助文件
- 文件名称: ppie12.ft.textClipping
- 文件格式: TEXTCLIPPING
- 字段映射介绍: 辅助文本剪辑文件,内容与主要数据文件相关。
数据来源
BMRB(生物磁共振数据库)
适用场景
- 蛋白质相互作用动力学研究: 通过分析不同时间延迟点的ZZ交换谱图,研究BMAL1 TAD与PPIE之间的结合动力学和构象变化。
- 核磁共振方法开发: 作为ZZ交换实验技术的实际应用案例,用于方法验证和优化。
- 生物分子交换速率测定: 利用时间序列数据计算蛋白质间的化学交换速率常数。
- 结构生物学研究: 结合BMRB中的化学位移信息,分析蛋白质相互作用的结构基础。