数据集概述
本数据集为纳米比亚卡普里维地带6个非洲水牛种群的基因流研究数据,包含134个个体的10个微卫星基因座分型数据,以及种群采样位置、地理屏障、景观阻力等空间信息,用于对比历史与近期基因流的差异,分析影响基因流的因素,支持种群连通性研究。
文件详解
- 空间数据文件
- 文件名称:BuffaloSampleLocations.zip、VetFence.zip、AllMainRivers.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含非洲水牛采样点位置、围栏分布、主要河流等GIS空间数据,支持地理屏障与景观阻力分析
- 基因型数据文件
- 文件名称:Buff134_10loc6pop
- 文件格式:无扩展名
- 字段映射介绍:134个非洲水牛个体在10个微卫星基因座的分型数据,对应6个种群的遗传结构分析
- 分析辅助文件
- 文件名称:AnalysisClip.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:基因流分析过程中使用的裁剪数据,支持景观阻力模型构建
- 亲缘关系分析文件
- 文件名称:Buff118_10classes_SPAGEDI.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含118个个体的分类信息、空间坐标及微卫星基因座数据(如BM3517、HEL10等),用于SPAGEDI软件的亲缘关系分析
- 景观阻力多边形文件
- 文件名称:UnityResistanceSamplingPolygons.txt、UnityResistanceHomeRangePolygons.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含采样区域和家域范围的景观阻力多边形数据,用于评估地理特征对基因流的影响
数据来源
论文“Contrasting historical and recent gene flow among African buffalo herds in the Caprivi Strip of Namibia”
适用场景
- 种群遗传学研究:分析非洲水牛种群的历史与近期基因流差异,探究遗传结构形成机制
- 景观遗传学分析:评估地理距离、河流屏障、水源距离等景观因素对基因流的影响
- 野生动物保护规划:为维持非洲水牛种群连通性提供数据支持,指导保护区管理策略制定
- 亲缘关系分析:通过微卫星数据计算个体间亲缘关系,研究种群内近交程度与社会结构
- GIS空间建模:结合采样位置与地理屏障数据,构建景观阻力模型,模拟基因流路径