数据集概述
本数据集为捕食者诱导下大型蚤（Daphnia pulex）基因表达差异个体发生序列的补充数据，包含样本信息、基因差异表达分析结果、相关性统计、系统发育树及基因序列注释等多类型文件，支持相关生物学实验数据的验证与扩展分析。
文件详解
该数据集包含11个文件，具体说明如下：
- 样本与统计类文件：
- Daphnia_samples.xlsx：Excel格式，可能记录大型蚤实验样本的基础信息
- Deduplication_stats.csv：CSV格式，包含文库去重统计数据，字段有Library（文库）、After_demultiplication（拆分后数量）、After_deduplication（去重后数量）、Duplication_pct（重复率）等
- Exfold_correlations_bw_samples.csv：CSV格式，记录样本间相关性数据，字段有Mix（混合组）、Library.x/y（文库）、R（相关系数）
- Exfold_LFC_correlations.csv：CSV格式，差异表达倍数（LFC）相关的统计数据
- Exfold_observed_vs_expected.csv：CSV格式，观测值与期望值对比数据
- 基因分析类文件：
- DESeq2_quanitifications_(fragments_per_mln).xlsx：Excel格式，DESeq2定量分析结果（每百万片段数）
- DEG_analysis_without_jI42.1.zip：压缩包格式，去除jI42.1后的差异表达基因（DEG）分析数据
- KAP4-stringtie_gene_sequences_and_annotations.zip：压缩包格式，KAP4基因序列及注释数据
- Cladocera_LTRs.zip：压缩包格式，枝角类长末端重复序列（LTRs）相关数据
- 系统发育类文件：
- aIGF_phylogeny.jtree：jtree格式，aIGF基因的系统发育树数据
- GAG_phylogeny.jtree：jtree格式，GAG基因的系统发育树数据
适用场景
- 分子生物学研究：分析捕食压力下大型蚤不同发育阶段的基因表达调控机制
- 进化生物学研究：基于系统发育树数据探究相关基因的进化关系
- 生物统计学分析：利用相关性数据验证实验样本的可靠性与重复性
- 基因组学研究：通过基因序列注释文件开展大型蚤功能基因组分析
