数据集概述
本数据集围绕犬（Canis familiaris）与灰狼（Canis lupus）基因组的甲基化模式展开，探究驯化过程及转座子插入对两者甲基化差异的影响。通过分析两万四千余个胞嘧啶位点的甲基化数据，识别物种特异性甲基化位点，关联重复元件与功能基因，并验证甲基化标记的遗传稳定性，为驯化相关表观遗传机制研究提供支持。
文件详解
- 文件名称：GO gene lists_Neutrality.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含与中性进化模式显著偏离的基因GO注释列表，记录基因功能分类及相关统计信息
- 文件名称：BS-Seeker_Log_Files.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：BS-Seeker分析日志，记录原始 reads 数量、含CGG/TGG末端的reads数量、CGG标签reads占比等测序数据处理信息
- 文件名称：EWAsher_GO.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：经EWAsher分析的基因GO注释数据，关联甲基化差异区域与基因功能
- 文件名称：Shared_Methylation_Sites.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：犬与灰狼共有的甲基化位点信息，记录保守甲基化区域的基因组位置及相关特征
- 文件名称：Epigenotype_File.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：表观基因型数据文件，包含样本甲基化位点的基因型信息及遗传稳定性相关统计
数据来源
论文“The concerted impact of domestication and transposon insertions on methylation patterns between dogs and grey wolves”
适用场景
- 驯化表观遗传机制研究: 分析犬驯化过程中甲基化模式的变化，探究选择压力对表观基因组的影响
- 物种间甲基化差异分析: 比较犬与灰狼的特异性甲基化位点，识别驯化相关的表观遗传标记
- 转座子与甲基化关联研究: 验证转座子插入对基因组甲基化模式的调控作用
- 甲基化遗传稳定性评估: 利用黄石公园灰狼系谱数据，分析甲基化标记的遗传力及传递规律
- 功能基因甲基化分析: 研究神经递质等功能基因的甲基化差异与表型多样化的关联
