数据集概述
本数据集围绕草莓PERPETUAL FLOWERING（PF）位点展开，包含表型与基因型数据，用于研究PF位点对匍匐茎无性繁殖表型的遗传调控作用，以及基因组预测在草莓育种中的应用，为培育无匍匐茎或低匍匐茎品种提供数据支持。
文件详解
该数据集包含九类数据文件与两类图表文件，具体说明如下：
- 多样性面板数据文件：
- Supplemental File S1 SDP 3-19-2025.xlsx：Excel格式，含九百三十二个八倍体草莓多样性面板个体的来源年份、物种、系谱、开花习性分类、匍匐茎评分表型均值及AX-184947290 SNP基因型。
- SNP物理坐标文件：
- Supplemental File S2 Physical Coordinates 3-26-2025.xlsx：Excel格式，含50K和850K Axiom芯片SNP在'Camarosa'和'UCD Royal Royce'基因组上的物理定位信息。
- 染色体命名参考文件：
- Supplemental File S3 Chromosome Nomenclature 3-19-2025.xlsx：Excel格式，提供八倍体草莓连锁群与染色体命名的交叉参考。
- F2家系表型与基因型文件：
- Supplemental File S4 F2 Families 3-19-2025.xlsx：Excel格式，含二百七十个F2个体的系谱、匍匐茎计数表型及AX-184947290 SNP基因型。
- Supplemental File S5 Full-Sib Families 3-19-2025.xlsx：Excel格式，含三百七十二个全同胞后代的系谱、匍匐茎计数、匍匐茎评分、花序计数表型及AX-184947290 SNP基因型。
- 单倍型数据文件：
- Supplemental File S6 SDP Haplotypes V2 3-22-2025.csv：CSV格式，含八百零八个多样性面板个体的五十一个SNP单倍型数据，字段包括UC_ID、开花习性、单倍型字符串及多个SNP位点基因型。
- 图形化基因型文件：
- Supplemental File S7 F2 Graphical Genotypes 3-26-2025.xlsx：Excel格式，含二百七十九个F2个体在4B染色体PF位点区域的图形化基因型及匍匐茎表型。
- Supplemental File S8 F2 Haplotypes 3-26-2025.xlsx：Excel格式，含PF位点相关的十五个SNP在F2家系中的基因型与单倍型数据。
- 候选基因文件：
- Supplemental File S9 Candidate Genes.xlsx：Excel格式，含'UCD Royal Royce'基因组4B染色体上PF位点附近一百七十三个注释基因的预测功能。
- 图表文件：
- Supplemental Figure S1 Timeseries GWAS.pdf：PDF格式，展示不同日期匍匐茎计数表型的全基因组关联分析曼哈顿图。
- Supplemental Figure S2 RGA1 3-24-2025.pdf：PDF格式，展示草莓RGA1同源基因在不同基因组上的共线性分析图。
适用场景
- 草莓遗传育种研究：分析PF位点对匍匐茎无性繁殖的遗传效应，辅助培育无匍匐茎或低匍匐茎品种。
- 基因组预测应用：评估PF位点校正对匍匐茎表型基因组预测准确性的影响，优化草莓育种中的基因组选择策略。
- 植物无性繁殖机制研究：探究草莓匍匐茎发育的遗传调控网络，解析PF位点与其他基因的互作关系。
- 分子标记开发：基于PF位点区域的SNP信息，开发用于草莓匍匐茎表型选择的分子标记。
