数据集概述
本数据集围绕杂草Capsella bursa-pastoris展开，聚焦群体结构对基因表达及开花时间变异的影响。通过RNA-Seq分析24份材料的基因表达差异，结合GBS基因分型数据，探讨群体遗传结构对表型差异解读的干扰，以及适应性性状与群体结构的关联，为植物适应性进化研究提供数据支撑。
文件详解
- Cbp_RNA-Seq_MCMCglmm.R.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含MCMCglmm相关的R脚本压缩包，可能用于群体结构与表型变异的统计建模分析
- Cbp_RNA-Seq_RAxML_Trees_GBS_nwk.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含基于GBS数据构建的RAxML系统发育树（nwk格式）压缩包，用于群体聚类分析
- Cbp_RNA-Seq_Phenotype-Environment.R.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含表型与环境关联分析的R脚本压缩包，涉及开花时间、昼夜节律等表型数据处理
- Cbp_RNA-Seq_edgeR.R.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含edgeR相关的R脚本压缩包，用于差异基因表达分析
- Cbp_RNA-Seq_HTseq_counts.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含HTseq计数数据压缩包，为基因表达量的原始定量结果
数据来源
论文“The influence of population structure on gene expression and flowering time variation in the ubiquitous weed Capsella bursa-pastoris (Brassicaceae)”
适用场景
- 植物群体遗传学研究：分析Capsella bursa-pastoris的群体遗传结构及其对表型变异的影响
- 基因表达调控分析：探究不同地理群体间基因表达差异及调控机制
- 开花时间适应性进化研究：解析FLOWERING LOCUS C等基因在开花时间局部适应中的作用
- 表型-环境关联分析：研究昼夜节律、开花时间等表型与环境因子的关联模式
- 群体结构校正方法验证：测试群体遗传结构校正对差异表达分析结果的影响
