数据集概述
本数据集为论文“蚜虫系统发育中线粒体、核与共生体基因组的不一致性：谁在说真话？”的补充数据，包含补充表格、补充图表、实验方案文档及4个存档文件，覆盖蚜虫样本信息、基因扩增数据、基因组矩阵、系统发育树及共生菌基因组草案等内容，支持蚜虫系统发育的多组学分析。
文件详解
- 补充表格文件
- 文件名称：
Supplementary_Tables.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含6个补充表，S1为蚜虫样本采集信息及凭证ID，S2为线粒体基因组长片段DNA扩增成功率，S3为核基因Fluidigm扩增引物及测序成功率，S4为新测序蚜虫共生菌基因组特征，S5为ML分析模型及最优树似然值，S6为RERConverge分析结果
- 补充图表文件
- 文件名称：
FigureS1_phylogenyWorkflow.pdf、FigureS2_DnDsboxplot_II.pdf
- 文件格式：PDF
- 内容介绍：FigureS1为系统发育分析工作流程，FigureS2为蚜虫分支基因组分子进化模式（dN/dS）箱线图及统计检验结果
- 实验方案文档
- 文件名称：
TextS1_Protocole addition.docx
- 文件格式：DOCX
- 内容介绍：包含线粒体基因组长片段扩增、Illumina测序及两步PCR实验方案细节
- 存档文件
- 文件名称：
Archive1_Mitochondrialdata.tar
- 文件格式：TAR
- 内容介绍：线粒体氨基酸（AA）和DNA矩阵，以及ML、贝叶斯分析的替代系统发育树
- 文件名称：
Archive2_NuclearDatatFluidigm.tar
- 文件格式：TAR
- 内容介绍：核基因氨基酸（AA）和DNA矩阵，以及ML、贝叶斯分析的替代系统发育树
- 文件名称：
Archive3_BuchneraGenomeData.tar
- 文件格式：TAR
- 内容介绍：12个新的蚜虫共生菌Buchnera基因组草案
- 文件名称：
Archive4_Buchnera_data&Phylogeny.tar
- 文件格式：TAR
- 内容介绍：Buchnera氨基酸矩阵及替代系统发育拓扑结构
数据来源
论文“Discordance between mitochondrial, nuclear, and symbiont genomes in aphid phylogenetics: who is telling the truth?”（Zoological journal of the Linnean society, 2024, vol 1, issue 4）
适用场景
- 蚜虫系统发育研究：对比线粒体、核基因及共生菌基因组的系统发育信号一致性
- 分子进化分析：利用dN/dS数据探究蚜虫与共生菌的协同进化模式
- 基因组测序技术应用：参考长片段线粒体扩增及Fluidigm核基因扩增实验方案
- 共生菌基因组研究：基于Buchnera基因组草案分析其与蚜虫宿主的共生关系
- 系统发育方法验证：比较ML与贝叶斯分析对不同基因组数据的拓扑结构差异
