数据集概述
本数据集通过高分辨率定量质谱技术，分析hTERT-RPE-1非转化细胞在细胞周期中的蛋白及磷酸化丰度变化，包含13个补充表格，记录细胞周期各阶段的分子动态、GO富集分析、CCD蛋白及磷酸化位点列表等，为细胞周期调控研究提供基础参考，数据可通过Cell Cycle数据库访问。
文件详解
- Table S1（Figure 1支撑数据）
- 文件格式：XLSX
- 内容：流式细胞术DNA含量分析的细胞周期各阶段细胞量化数据，UniProt注释的本研究及其他细胞周期蛋白质组数据集检测到的蛋白列表，细胞周期相关Cyclins及GO:1903047注释蛋白。
- Table S2（时间序列数据集）
- 文件格式：XLSX
- 内容：时间序列检测到的蛋白及磷酸化事件列表，按归一化方法分组的丰度值，统计指标与功能注释，磷酸化位点的结构、进化等多维度注释。
- Table S3（CCD蛋白 cutoff分析）
- 文件格式：XLSX
- 内容：不同折叠变化范围下“细胞周期”GO:0007049的富集分析，用于定义时间序列及有丝分裂退出数据集的CCD蛋白 cutoff。
- Table S4（时间序列GO富集分析）
- 文件格式：XLSX
- 内容：时间序列数据中显著振荡的蛋白及磷酸化事件的GO富集分析，涵盖生物过程、分子功能、细胞组分及Reactome通路。
- Table S5（有丝分裂退出数据集）
- 文件格式：XLSX
- 内容：有丝分裂退出数据集中检测到的蛋白及磷酸化事件列表，按归一化方法分组的丰度值，统计指标与功能注释，磷酸化位点多维度注释。
- Table S6（有丝分裂退出GO富集分析）
- 文件格式：XLSX
- 内容：有丝分裂退出数据中显著差异表达的蛋白及磷酸化事件的GO富集分析，涵盖生物过程、分子功能、细胞组分及Reactome通路。
- Table S7（Figure 3F聚类数据）
- 文件格式：XLSX
- 内容：Figure 3F展示的蛋白聚类列表，及各聚类的GO富集分析（生物过程、分子功能、细胞组分、Reactome通路）。
- Table S8（CCD蛋白与磷酸化位点列表）
- 文件格式：XLSX
- 内容：细胞周期依赖性（CCD）蛋白及磷酸化位点列表，按归一化方法分组的丰度值，统计指标与功能注释，磷酸化位点多维度注释，其他研究定义的CCD蛋白及磷酸化位点对比。
- Table S9（CCD分子GO富集分析）
- 文件格式：XLSX
- 内容：CCD蛋白及磷酸化事件的GO富集分析，涵盖生物过程、分子功能、细胞组分及Reactome通路。
- Table S10（定位与蛋白复合物分析）
- 文件格式：XLSX
- 内容：Figure 4B展示的定位分析（GO定位术语、蛋白数量及曲线折叠变化统计）和蛋白复合物分析（复合物涉及蛋白及曲线折叠变化统计）。
- Table S11（Mahdessian等数据集关联数据）
- 文件格式：XLSX
- 内容：Mahdessian等研究中鉴定的蛋白及转录本与本研究CCD蛋白的关联注释。
- Table S12（蛋白界面磷酸化位点数据）
- 文件格式：XLSX
- 内容：位于蛋白界面的磷酸化位点列表，包含统计指标与功能注释。
- Table S13（降解基序预测数据）
- 文件格式：XLSX
- 内容：已知及预测含降解基序的CCD蛋白列表，包含预测置信度及含不稳定肽段的蛋白信息。
数据来源
BioRxiv论文“High resolution profiling of cell cycle-dependent protein and phosphorylation abundance changes in non-transformed cells”及Cell Cycle database（CCdb, https://slim.icr.ac.uk/cell_cycle/cell_cycle）
适用场景
- 细胞周期分子调控机制研究：分析蛋白及磷酸化丰度随细胞周期的动态变化规律。
- CCD蛋白及磷酸化位点功能验证：基于数据集的CCD列表开展靶向实验验证。
- 细胞周期相关通路富集分析：利用GO及Reactome通路注释研究细胞周期关键通路。
- 非转化细胞周期模型构建：结合高分辨率时序数据构建细胞周期分子调控模型。
- 蛋白降解及磷酸化调控研究：基于降解基序及蛋白界面磷酸化位点数据探索调控机制。
