数据集概述
该数据集包含研究“肠道微生物组变化与耐药组多样性”的原始数据、代码文件及结果文件，涵盖微生物组分析的原始数据表、统计代码、图表及项目说明文档，为相关研究提供完整数据支持。
文件详解
该数据集包含多个文件和目录，具体说明如下：
- 项目与数据说明文件:
- README.md: 项目说明文档，包含操作系统要求（推荐Ubuntu 20.04 LTS或Windows Subsystem Linux）及original_data文件夹中的数据文件说明。
- gut_microbiome_shift_and_resistome_diversity.Rproj: R语言项目文件。
- 原始数据文件 (位于original_data文件夹):
- Table_otu.raw.tsv: OTU表格，由Magigene Cloud Platform通过Uparse（97%相似度）处理生成，已移除叶绿体、线粒体、未分类及古菌OTU。
- otus.fa: 代表性OTU序列文件，由Magigene Cloud Platform通过Uparse（97%相似度）处理生成。
- 代码文件:
- Figure1.R: R语言代码文件，用于生成Figure1。
- multidrug_polymyxin.ipynb: Jupyter Notebook文件，用于多药耐药与多粘菌素相关分析。
- 结果图表与表格文件:
- Figure1.svg、Figure1.pdf: Figure1的矢量图与PDF格式文件。
- FigureS1.svg、FigureS1.pdf: FigureS1的矢量图与PDF格式文件。
- Table1.xlsx、TableS2.xlsx: Excel格式的表格文件。
数据来源
Magigene Cloud Platform
适用场景
- 微生物组研究: 分析肠道微生物组结构变化及其与耐药组多样性的关联。
- 生物信息学分析: 复现或扩展基于OTU数据的微生物组统计分析流程。
- 耐药组研究: 探究多药耐药机制及多粘菌素耐药相关的微生物特征。
- 科学研究数据支持: 为肠道微生物与耐药性相关的学术研究提供原始数据与分析方法参考。
