数据集概述
本数据集为“肠细胞空间重建揭示肠道绒毛轴广泛分区”研究的配套数据，包含激光捕获显微切割（LCM）基因表达、单细胞RNA测序（scRNAseq）原始计数、tSNE坐标及分区重建结果等文件，支持肠道绒毛细胞空间分布与基因表达模式的分析。
文件详解
- table_A_LCM_TPM_values.tsv：TSV格式文件，记录显微切割绒毛五分段的基因表达水平。字段包括ensemble基因ID、三只小鼠绒毛1至5段的原始Kallisto TPM值、外部基因名称、描述及基因生物类型。
- table_B_scRNAseq_UMI_counts.tsv：TSV格式文件，包含研究中使用细胞的原始UMI计数。列对应单个细胞（细胞条形码），值为原始UMI计数，分析基于NCBI GEO数据集GSM2644349和GSM2644350。
- table_C_scRNAseq_tsne_coordinates_zones.tsv：TSV格式文件，记录细胞的tSNE坐标及重建分区。字段包括细胞ID（对应table_B的列名）、Seurat tSNE坐标1/2、推断分区（隐窝、V1至V6），分析基于NCBI GEO数据集GSM2644349和GSM2644350。
- table_D_zonation_reconstruction.tsv：TSV格式文件，为scRNAseq数据的分区重建表。字段包括基因ID、隐窝及6个绒毛区的平均表达量、标准误、分区谱的p值和q值。
- raw_data.zip：ZIP格式压缩包，包含运行https://github.com/aemoor/Code_spatial_reconstruction_enterocytes脚本所需的原始及中间数据。
适用场景
- 肠道生物学研究：分析肠道绒毛轴不同区域的基因表达模式与细胞空间分布特征。
- 单细胞转录组学分析：验证scRNAseq数据的tSNE聚类及细胞分区重建方法的有效性。
- 基因分区功能研究：挖掘与肠道隐窝-绒毛轴分区相关的关键基因及其表达规律。
- 生物信息学方法应用：复现或扩展肠细胞空间重建的数据分析流程与算法。
