数据集概述
本数据集围绕沉积物胁迫实验展开，包含多物种样本的元数据、测序分析文件、统计结果与可视化图表等，覆盖夏威夷（HI）、佛罗里达（FL）等地区的样本信息，为沉积物胁迫相关研究提供多类型数据支持。
文件详解
- 元数据文件（CSV/XLSX格式）：
- HI_sediment_metadata_raw.csv：夏威夷沉积物原始元数据，含时间、样本ID、物种、处理浓度、时间点、位置等字段
- SRA_metadata_SedStress_RNASeq.xlsx：RNA测序相关SRA元数据表格
- ofav_metadata_filtered.csv：Obicella faveolata过滤后元数据，含重复编号、物种、处理组、位置、样本ID等字段
- FL_sediment_metadata_raw.csv：佛罗里达沉积物原始元数据
- acerv_metadata_filtered.csv：Acervulina sp.过滤后元数据
- mcav_metadata_filtered.csv：Montastraea cavernosa过滤后元数据
- pacuta_metadata_raw_filtered.csv：Pacifigorgia sp.原始过滤元数据
- mcap_metadata_raw_filtered.csv：Montastraea capitata原始过滤元数据
- plob_metadata_raw_filtered.csv：Porites lobata原始过滤元数据
- Invertebrate.1.0-2.xlsx：无脊椎动物相关数据表格
- Shared_GO.xlsx：共享GO术语Excel表格
- 分析结果文件（CSV格式）：
- DEG_GO_Orthogroup_SummaryTable.csv：差异表达基因与GO正交群汇总表
- Orthogroups_DEGs.csv：正交群与差异表达基因对应表
- Shared_GO_terms.csv：共享GO术语列表
- AlignmentOutput_Averages.csv：比对结果平均值统计
- 代码与流程文件（Rmd/R/md格式）：
- mcap_STAR.md：Montastraea capitata的STAR比对流程说明
- pacuta_STAR.md：Pacifigorgia sp.的STAR比对流程说明
- pacuta_GOSeq.Rmd：Pacifigorgia sp.的GO富集分析Rmarkdown文件
- RNASeq_pipeline_FL.md：佛罗里达样本RNA测序分析流程
- TranscriptLengths.md：转录本长度相关说明
- RNASeq_pipeline_HI.md：夏威夷样本RNA测序分析流程
- DEG_GO_summary.Rmd：差异表达基因与GO分析总结Rmarkdown文件
- acerv_sub_GOSeq.Rmd：Acervulina sp.的GO富集分析Rmarkdown文件
- mcap_DESeq2.Rmd：Montastraea capitata的差异表达分析Rmarkdown文件
- pcomp_Fix_GFF.R：GFF文件修复相关R代码
- mcav_Fix_GFF.R：Montastraea cavernosa的GFF文件修复R代码
- plut_Fix_GFF.R：Porites lutea的GFF文件修复R代码
- 可视化文件（PNG/PDF格式）：
- FL_HI_Temperatures.png：佛罗里达与夏威夷温度对比图
- LocationsCounts_GOslim.BP_20221205.png：不同位置的GO slim生物学过程统计图表
- PCA_all.png：所有样本主成分分析结果图
- MorphologyCounts_GOslim.BP_20221227.pdf：形态计数相关GO slim生物学过程统计PDF
- PCA_all.pdf：所有样本主成分分析结果PDF
- upset_GO.BP_20230906.pdf：GO生物学过程的Upset图
- LocationsCounts_GOslim.BP_20221205.pdf：不同位置的GO slim生物学过程统计PDF
- 文本数据文件（TXT格式）：
- KeyWest_2016.txt：2016年基韦斯特相关数据
- Objects.txt：对象相关说明文本
- KaneoheBay_2015.txt：2015年 Kaneohe Bay 相关数据
适用场景
- 海洋生态学研究：分析沉积物胁迫对珊瑚等海洋生物的影响
- 转录组学分析：探究沉积物胁迫下生物的差异基因表达模式
- 生物信息学流程复现：参考STAR比对、GO富集分析等标准流程
- 环境因子关联研究：结合温度、位置等数据研究环境与生物响应的关系
- 多物种胁迫响应比较：对比不同珊瑚物种对沉积物胁迫的耐受差异
