数据集概述
本数据集基于全基因组单核苷酸多态性（SNPs），开展Cherax destructor的系统地理学模式分析及物种界定研究，验证未描述物种、亚种及进化显著单元的独特性，支持现有分类学结论并识别遗传分化群体。包含23个文件，覆盖元数据、基因型数据、代码及说明文档。
文件详解
- 说明文档类（.docx/.txt）
- 文件示例：README_for_cherax_full_filter.docx、README.txt等12个文件
- 文件格式：DOCX、TXT
- 内容说明：各子数据集的处理方法、参数说明及使用指南
- 元数据与编码文件类（.csv）
- 文件示例：cherax_ind_metadata.csv、Cherax_prelim_pop_recode.csv等4个文件
- 文件格式：CSV
- 字段说明：cherax_ind_metadata.csv包含样本ID、种群、纬度、经度等个体元数据；其他CSV文件为种群及个体的编码映射
- 基因型数据类（.Rdata/.zip）
- 文件示例：cherax_full_gl.Rdata、DCra15_Chdes_SilicoDArT.zip等4个文件
- 文件格式：Rdata、ZIP
- 内容说明：存储基因型似然值、SilicoDArT及SNP数据
- 代码文件类（.R）
- 文件示例：cherax_full_filter.R、Cherax_data_input.R等3个文件
- 文件格式：R
- 内容说明：数据过滤、输入处理等分析代码
数据来源
论文“Phylogeography and species delimitation of Cherax destructor (Decapoda: Parastacidae) using genome-wide SNPs”
适用场景
- 甲壳类动物系统地理学研究: 分析Cherax destructor种群的遗传结构与地理分布模式
- 物种界定与分类学验证: 利用SNP数据验证Cherax属物种及亚种的分类地位
- 进化显著单元识别: 识别Cherax destructor的进化显著单元与管理单元
- 基因组多样性分析: 研究Cherax destructor不同地理种群的遗传多样性与分化水平
- 生物信息学方法应用: 参考SNP数据处理与分析的代码及流程
