数据集概述
本数据集聚焦北美分布的奇努克鲑鱼（Oncorhynchus tshawytscha）环境适应的景观基因组学研究，通过冗余分析（RDA）等方法，分析19703个SNP位点与环境变量的多基因关联，识别566个适应性位点，探究降水、温度、迁徙距离等环境因素对基因组分化的驱动作用，为研究该物种应对全球环境变化提供基础数据。
文件详解
- 基因组数据文件
- 文件名称：Hecht_OtsLandscapeGenomics_Dryad-Genotypes_061915.xlsx、Hecht_OtsLandscapeGenomics_Dryad-AlleleFreq_061915.xlsx、Ots_RADcatalog_21504SNPs.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含奇努克鲑鱼的基因型数据、等位基因频率数据及RAD测序的SNP目录（21504个SNP位点信息）
- 群体遗传学分析文件
- 文件名称：Hecht_OtsLandscapeGenomics_Dryad-HWE_061915.xlsx、Mantel-Hecht-MoranFSTfullmatrices.xlsx、GENEPOP-Rangewide_NeutralSNPs.txt
- 文件格式：XLSX、TXT
- 字段映射介绍：包含哈迪-温伯格平衡（HWE）检验结果、FST矩阵的Mantel检验数据及中性SNPs的GENEPOP格式群体遗传学分析数据
- 景观基因组学分析文件
- 文件名称：LOSITAN-Rangewide.txt、PCA-adegenet_neutralSNPs.txt、RDA_AlleleFreq.txt、RDA_BIOCLIMDATA.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含LOSITAN分析的适应性位点检测结果、中性SNPs的主成分分析（PCA）数据、等位基因频率的冗余分析（RDA）数据及生物气候（BIOCLIM）环境变量数据
数据来源
Dryad（与论文"Environmental adaptation in Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) throughout their North American range"相关）
适用场景
- 鱼类基因组学研究：分析奇努克鲑鱼基因组中SNP位点的分布及适应性进化机制
- 环境适应性研究：探究降水、温度、迁徙距离等环境因素对奇努克鲑鱼基因组分化的驱动作用
- 群体遗传学分析：利用HWE检验、FST矩阵、GENEPOP数据开展群体结构、遗传多样性研究
- 全球变化响应研究：基于适应性位点与环境变量的关联，预测奇努克鲑鱼对全球环境变化的响应策略
- 景观基因组学方法验证：验证冗余分析（RDA）在多基因-环境变量关联研究中的应用效果
