数据集概述
本数据集聚焦奇努克鲑鱼洄游时间的基因组基础与进化研究，通过随机森林结合群体异常值分析方法，对美国哥伦比亚河和普吉特湾14个种群的414个个体、9107个RAD标记进行分析，识别出33个预测位点，解释79.2%的性状变异，揭示洄游时间表型的遗传机制及平行进化路径。
文件详解
- 基因型输入文件
- 文件名称：genotypes_input_files.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含奇努克鲑鱼样本的基因型数据，用于后续随机森林分析的输入基础
- 随机森林分析文件
- 文件名称：Random_forest.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含随机森林分析相关的程序或结果文件，用于检测与洄游时间关联的分子标记
- 样本条形码文件
- 文件名称：samples_barcodes.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录样本的条形码信息，用于样本身份识别与数据对应
- 核平滑分析文件
- 文件名称：Kernel_smoothing.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含核平滑分析相关的程序或结果文件，用于辅助基因组数据的分析处理
数据来源
论文“Integration of Random Forest with population-based outlier analyses provides insight on the genomic basis and evolution of run timing in Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha)”
适用场景
- 鱼类洄游时间遗传机制研究: 利用预测位点数据，分析奇努克鲑鱼洄游时间表型的多基因调控基础
- 种群基因组平行进化分析: 通过位点频率变化，探究不同种群洄游时间表型的共享与独特进化路径
- 水生生物适应性进化研究: 结合异常值分析结果，识别受选择的基因组区域，解析洄游时间适应性进化的分子机制
- 渔业资源保护策略制定: 基于种群遗传分化数据，为奇努克鲑鱼的种群管理与保护提供基因组学依据
