数据集概述
本数据集包含奇努克鲑鱼（Oncorhynchus tshawytscha）的整合连锁图谱及候选基因相关数据，基于不同来源的家系数据构建，涵盖14,620个SNP位点（含2,336个亚端粒区旁系同源基因），用于锚定大西洋鲑鱼基因组 scaffolds 及注释ESTs，支持适应性变异相关基因的识别与分析。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README_for_DipMale.docx、README_for_HapDipFemConsensus.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：分别对应DipMale和HapDipFemConsensus连锁图谱数据的说明文档，提供数据背景、构建方法及使用指引
- 数据类文件
- 文件名称：HapDipFemConsensus.linkage、DipMale.linkage
- 文件格式：.linkage
- 字段映射介绍：奇努克鲑鱼的连锁图谱数据文件，包含SNP位点的连锁关系信息
- 辅助文件
- 文件名称：LocusNamingKey.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：位点命名规则表，用于解释连锁图谱中SNP位点的命名逻辑与对应关系
数据来源
论文“An integrated linkage map reveals candidate genes underlying adaptive variation in Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha)”
适用场景
- 鲑鱼基因组适应性进化研究：分析连锁图谱中候选基因（如HSP70）与热耐受性等适应性性状的关联
- 分子标记开发与应用：利用SNP位点信息开发奇努克鲑鱼的遗传标记，支持种群鉴定与育种应用
- 基因组资源整合：通过锚定大西洋鲑鱼基因组scaffolds，完善奇努克鲑鱼基因组注释框架
- 种群基因组学分析：识别种群间分化显著的基因组区域，研究适应性相关性状（如应激响应、生长）的遗传基础
