数据集概述
本数据集围绕中国仓鼠卵巢（CHO）细胞的代谢通量预测展开，通过简约通量平衡分析（pFBA）结合维持能量（mATP）优化，提升基因组尺度代谢模型（iCHO1766）的预测准确性，并与碳十三代谢通量分析（13C MFA）数据对比验证，包含实验数据、分析脚本及可视化结果。
文件详解
该数据集包含两个核心目录及相关文件，具体说明如下：
- 目录：experimental_mATP
- 数据文件：包含连续发酵实验数据（如cd-cho_hplc.csv、bioprocess_data.csv）、预测结果数据（如total_qatp.csv）及代谢模型文件（如iCHO_K1par-8mMCD.xml）
- 脚本文件：包含Python/R脚本（如mATP_vs_PO.R、pFBA_total_qATP.py），用于计算代谢物交换率、估算mATP及可视化结果
- 图片文件：位于figures子目录，包含代谢物速率及细胞特征可视化图（如Asn_rates.png、cell_chars.png）
- 目录：pFBA_vs_13C
- 数据文件：包含文献来源的13C通量数据（按不同研究分组存储）、pFBA模拟结果（如pred_vs_exp_subsystems_cho.csv）及反应添加数据（如added_ab_reactions.csv）
- 脚本文件：包含Python脚本（如add_antibody.py），用于运行pFBA模拟、对比预测与实测通量及统计分析
- 模型文件：位于models子目录，包含CHO细胞基因组尺度代谢模型（如iCHOv1_final.xml）
- 图片文件：位于figures子目录，包含预测与实测通量对比图（如pred_vs_exp_growth_pFBA_cho.png）
- 说明文件：各子目录下的read_me.txt，提供文件结构及使用说明
适用场景
- 代谢工程研究：优化CHO细胞代谢通量预测模型，提升生物制药生产效率
- 计算生物学分析：验证维持能量对通量平衡分析预测准确性的影响
- 生物过程优化：通过代谢通量数据指导细胞培养条件优化
- 系统生物学教学：作为基因组尺度代谢模型模拟与验证的案例数据
