数据集概述
本数据集为唇口目苔藓动物骨骼矿物学演化研究的补充数据，包含可复现研究的全部文件与代码，涉及化石记录、矿物学测量、系统发育分析等核心内容，支持对方解石海到文石海环境下骨骼矿物组成变化的研究。
文件详解
- 数据文件
- AGE-ONLY.xlsx：Lidgard et al. 2021化石数据集AGE-ONLY部分的分类单元名称，格式为Excel
- BryoMinBase.csv：Piwoni-Piorewicz et al. 2024苔藓动物骨骼文石含量测量数据库，CSV格式，含分类、矿物组成等字段
- bryominbase.RData：BryoMinBase的R数据文件
- coords.csv：Lidgard et al. 2021苔藓动物产出地点的位置信息，CSV格式
- cyclostome_genera.xlsx：Lidgard数据集中环口目苔藓动物属名列表，用于排除唇口目分析，Excel格式
- cyclostome_synonyms.xlsx：环口目苔藓动物属名同义词表，Excel格式
- FOSLOCAL.xlsx：Lidgard et al. 2021化石数据集FOSLOCAL部分的分类单元名称，Excel格式
- genera.csv：Lidgard数据集中所有属的列表及地质信息，CSV格式
- genera.RData：genera.csv的R数据文件
- occurrences.RData：所有古生物记录的R数据文件
- paleocoords.RData：地点古坐标的R数据文件
- XRDfossil.xlsx：化石唇口目骨骼文石含量直接测量新汇编数据，Excel格式
- timetree.tre：系统发育比较分析用的时间校准系统发育树，TRE格式
- 代码文件
- aragonite_bias.R：复现数据集文石偏差检验的R代码
- incompleteness.R：复现古生物数据集完整性分析的R代码
- mineralogy_fossil.R：复现化石记录部分方法的R代码
- mineralogy_phylo.R：复现系统发育比较部分方法的R代码
- mineralogy_phylo_randomizing_tips.R：探索系统发育末端与BryoMinBase分类单元随机匹配结果的R代码
- 压缩文件
- CMR data.zip：复现标记重捕分析所需的全部文件，供incompleteness.R使用
- timetree.zip：复现treePL中系统发育时间校准分析的全部文件
适用场景
- 古生物学研究：分析唇口目苔藓动物骨骼矿物组成的演化历史
- 地球化学与环境科学：探究方解石海到文石海环境变化对生物骨骼矿物学的影响
- 系统发育比较分析：研究苔藓动物矿物学特征的系统发育信号与演化模式
- 数据集完整性评估：验证古生物记录数据集的完整性及偏差来源
- 方法学复现：为类似生物矿物学演化研究提供可复现的分析流程与代码模板
