数据集概述
本数据集包含新世界小型地鸠Claravis属的完整分子系统发育研究相关文件，涉及三个物种的线粒体和核基因位点序列数据，通过系统发育树构建和祖先状态重建方法，分析该属的并系性及雄性蓝色羽色（性二态性）的演化历史。数据集共5个文件，涵盖序列比对、系统发育树和分析配置文件。
文件详解
- 序列比对文件
- 文件名称：Claravis_concatenated_alignment.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：包含Claravis属三个物种（含博物馆标本Claravis geoffroyi）的线粒体和核基因位点的串联序列比对数据，用于系统发育分析的基础输入。
- 系统发育树文件
- 文件名称：Claravis_MrBayes.tre、Claravis_BEAST.tre、Claravis_Garli.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：分别为通过MrBayes、BEAST、Garli三种方法构建的Claravis属及新世界小型地鸠支系的系统发育树，包含分支支持度、物种亲缘关系及分化时间（BEAST树）信息。
- 分析配置文件
- 文件名称：Claravis_BEAST.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：BEAST软件的分析配置文件，包含分子钟模型、树先验、马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）参数等设置，用于重现分化时间估算分析。
数据来源
论文“A complete molecular phylogeny of Claravis confirms its paraphyly within small New World ground-doves (Aves: Peristerinae) and implies multiple plumage state transitions”
适用场景
- 鸟类系统发育研究：用于分析Claravis属的系统发育关系、并系性及在新世界地鸠支系中的分类地位。
- 物种分化时间估算：基于BEAST树的分化时间数据，研究Claravis属及相关地鸠物种的演化时间线。
- 羽色演化分析：通过祖先状态重建结果，探究雄性蓝色羽色（性二态性）在小型地鸠支系中的独立演化次数及驱动因素。
- 博物馆标本分子研究：验证利用博物馆标本（如Claravis geoffroyi）开展分子系统发育分析的可行性与可靠性。
