数据集概述
本数据集包含回声定位哺乳动物中脊椎动物特异性和哺乳动物特异性保守非编码元件(CNE)的进化速率研究相关数据,涉及19个和9个哺乳动物目,重点分析听觉系统相关基因附近CNE的进化速率变化,探讨其与回声定位表型适应的关联。
文件详解
- 文件名称:README_for_Vert_specCNEs.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含脊椎动物特异性CNE串联比对数据说明,涉及89个基因组区域、26个哺乳动物基因组来源信息,以及物种缩写、基因注释来源(CONDOR数据库)等元数据。
- 文件名称:Vert_specCNEs.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包,包含脊椎动物特异性CNE序列比对数据,基于Ensembl和GenBank的26个哺乳动物基因组数据。
- 文件名称:HMX2_3.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包,包含与内耳发育相关的Hmx2和Hmx3基因关联的CNE序列数据,涉及多种蝙蝠物种的序列多样性信息。
适用场景
- 分子进化研究:分析哺乳动物CNE的进化速率差异,尤其是回声定位与非回声定位类群间的比较。
- 基因组调控元件分析:探究CNE作为调控序列在听觉系统发育相关基因中的作用及进化约束。
- 蝙蝠适应性进化研究:研究回声定位蝙蝠家族内CNE序列多样性与回声定位表型的关联。
- 比较基因组学分析:跨哺乳动物目水平分析CNE保守性与物种特异性适应的关系。