数据集概述
本数据集包含外源性皮质酮（CORT）对东部蝾螈免疫功能及皮肤微生物组影响的实验数据与分析脚本。实验设置短期（5天2次处理）和长期（26天18次处理）两组，检测免疫指标（中性粒细胞-淋巴细胞比、血浆杀菌能力等）、皮肤微生物组及健康状况。数据总计七十六份文件，涵盖原始测序数据、元数据、分析结果及说明文档。
文件详解
- 数据说明文件
- 文件名称：README_EffectsofElevatedCORTNvir_12-19-22.docx、metadata.yml、data_manifest.txt
- 文件格式：DOCX、YML、TXT
- 字段映射介绍：提供数据集整体说明、元数据配置及文件清单（含样本ID、文件名及路径）
- 元数据文件
- 文件名称：CORT_metadata.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录实验样本的基本元数据信息
- 测序数据文件
- 文件名称：遵循
[样本编号]_L001_R1_001.fastq.gz模式（如F744_11_L001_R1_001.fastq.gz）
- 文件格式：FASTQ.GZ
- 字段映射介绍：东部蝾螈皮肤微生物组的原始测序数据
- 分析结果文件
- 文件名称：Exp3_ZeroInfGamma_finalBDa.csv、CORT_microbiome_alpharare.csv、Experiment_3_final_plasma_CORT_btw_treatment_and_time_data_set.csv、Experiment_3_BKA_data_set.csv、ORIGINAL_rarefied_decontam_tax_filt_sOTU_table.biom
- 文件格式：CSV、BIOM
- 字段映射介绍：包含免疫指标（中性粒细胞-淋巴细胞比、血浆杀菌能力、脾细胞数、黑色素巨噬细胞中心计数及大小等）、皮质酮水平、微生物组α多样性、物种分类单元表等分析数据
适用场景
- 两栖动物免疫机制研究: 分析皮质酮对东部蝾螈免疫指标的影响，探究糖皮质激素在两栖动物免疫中的作用
- 皮肤微生物组研究: 利用测序数据及多样性分析结果，研究蝾螈皮肤微生物组结构及处理时间对其的影响
- 环境激素效应评估: 评估外源性皮质酮暴露对两栖动物健康及生理指标的作用
- 实验设计参考: 为两栖动物相关生理实验提供多时间尺度处理的设计思路与数据基础
- 生物信息分析方法验证: 基于提供的R脚本及分析结果，验证微生物组及免疫数据的统计分析方法
