数据集概述
本数据集围绕CRISPR-Cas9核酸酶的脱靶效应分析展开，对两个髓系肿瘤独立模型进行外显子测序，筛选覆盖预测脱靶位点及血液系统恶性肿瘤相关突变基因的测序数据，包含过滤后的测序文件及相关注释文件。
文件详解
- 测序数据文件：
- 1783BM-CD45.filtered.bam、ZM46BM-CD45.filtered.bam：BAM格式的过滤后测序比对文件
- 1783BM-CD45.filtered.bam.bai、ZM46BM-CD45.filtered.bam.bai：BAM文件对应的索引文件
- 注释文件：
- hematopoietic_gene_list.csv：CSV格式，包含血液系统相关基因列表（如ARID1A、ASXL1等）
- predicted_crispr_offtarget_sites.csv：CSV格式，包含预测的CRISPR脱靶位点信息（含GUIDE、sequence、score等字段）
- ccds-consensus-coding-sequence-database-grch37-13-_v1-ccds-grch37-13.csv：CSV格式，CCDS数据库注释文件
- bed_regions.bed：BED格式的基因组区域文件
- 代码文件：
- create_bedfile.r：R语言脚本，用于生成BED文件
适用场景
- 基因编辑技术研究：分析CRISPR-Cas9在髓系肿瘤模型中的脱靶效应
- 肿瘤分子生物学研究：探究血液系统恶性肿瘤相关基因的突变特征
- 生物信息学方法开发：验证CRISPR脱靶位点预测算法的准确性
- 基因组学数据分析：优化外显子测序数据的过滤与注释流程
