数据集概述
该数据集包含用于预测蛋白质红外光谱的机器学习协议相关的模拟数据和代码，支持研究人员通过在线服务使用该协议，代码采用Python和Bash语言编写，涵盖从蛋白质结构处理到红外光谱计算的全流程。
文件详解
该数据集包含一个压缩文件，具体说明如下：
- 文件名称: Code.zip
- 文件格式: ZIP (.zip)
- 压缩包内包含的核心代码文件（基于描述）：
- 1.1.py: 拆分蛋白质为单个肽键和二肽
- 1.2.py: 计算每个肽键和二肽的质心
- 1.3.sh: 将pdb格式文件转换为xyz格式
- 2.py: 提取肽键和二肽的库仑矩阵（CM）描述符
- 3.py: 用训练好的NMA神经网络模型预测肽键的振动频率和跃迁偶极矩
- 4.py: 用训练好的GLDP神经网络模型预测二肽的相邻耦合
- 5.sh: 生成SPECTRON程序的输入文件以计算蛋白质红外光谱
- 6.py: 基于振动激子模型理论构建蛋白质酰胺I振动的模型哈密顿量
- IR.sh: 对角化哈密顿矩阵并使用SPECTRON计算红外光谱
适用场景
- 蛋白质光谱学研究：用于预测和分析蛋白质的红外光谱特征
- 计算结构生物学：结合机器学习模型研究蛋白质酰胺I振动的理论模拟
- 生物物理数据分析：通过蛋白质结构数据推导其振动光谱性质
- 计算化学工具开发：作为蛋白质红外光谱预测流程的代码参考模板
