数据集概述
本数据集为使用decoupleR工具评估生物活性推断方法性能的支撑数据，包含转录组和磷酸化蛋白质组两类扰动实验数据，涉及转录因子、激酶的敲低与过表达实验，以及对应的调控网络资源和基准测试数据。
文件详解
- annotations.xlsx（XLSX格式）：提供实验相关的注释信息，辅助理解样本或数据的背景关联。
- rna_expr.rds（RDS格式）：存储转录组基因表达数据，支持转录因子扰动实验的表达分析。
- kinase_regulons.txt（TXT格式）：包含激酶调控网络信息，字段有Regulator（调控因子）、Regulator_ensp（调控因子ENSP编号）、Target（靶标）、Sequence（序列）、Evidence（证据类型）、SS（评分）等。
- rna_meta.rds（RDS格式）：记录转录组数据的元信息，描述样本的实验设计等背景。
- benchmark_data.xlsx（XLSX格式）：提供基准测试相关数据，用于方法性能评估的对比分析。
适用场景
- 生物信息学方法评估：用于测试和比较不同计算方法从组学数据推断生物活性的性能。
- 转录因子调控研究：基于转录组扰动实验数据，分析转录因子对基因表达的调控作用。
- 激酶调控网络分析：利用激酶调控网络数据，探究激酶对靶标磷酸化位点的调控机制。
- 组学数据标准化研究：参考磷酸化蛋白质组数据的标准化处理方式，优化多研究数据整合方法。
- 生物活性推断工具开发：作为基准数据，支撑组学数据生物活性推断工具的开发与优化。
