数据集概述
本数据集包含甲醛固定石蜡包埋（FFPE）样本RNA去修饰方法优化实验的结果数据，涉及不同保存方式（冷冻、乙醇、甲醛固定）及去修饰方案对RNA质量、测序指标和转录组分析结果的影响，共16个文件，为FFPE样本基因组研究提供方法参考。
文件详解
- 数据文件（.xlsx格式，共13个）
- Table_S3_RNA_and_RNA_quality_20171031_clean.xlsx：记录RNA产量、完整性等质量指标
- Table_S4_Actb_amplicon_summary_20170731.xlsx：Actb基因扩增子相关统计数据
- Table_S6_total_and_unique_raw_gene_ct_summary_20171031.xlsx：基因计数汇总数据
- Table_S8_overlapping_deg_lists_vs_fr_20171031.xlsx：差异表达基因与冷冻组的重叠列表
- Table_S9_raw_normalized_biomarker_counts_20171031.xlsx：生物标志物原始及标准化计数
- Table_S11_Linear_regression_analysis_pathway_upstream_regulator_rank_20171031.xlsx：通路上游调控因子线性回归分析结果
- Table_S12_Upstream_regulator_rank_20171031.xlsx：上游调控因子排名数据
- 图像文件（.tif格式，共3个）
- FigS1.tif、FigS2.tif、FigS3.tif：实验相关的补充图表图像
数据来源
论文“Demodifying RNA for transcriptomic analyses of archival formalin-fixed paraffin-embedded samples”
适用场景
- FFPE样本RNA处理方法优化：对比不同去修饰方案对RNA产量、完整性的提升效果
- 转录组测序质量评估：分析去修饰处理对测序覆盖度、缺失率等指标的影响
- 差异表达基因分析：研究FFPE样本与冷冻样本差异表达基因的重叠性
- 生物标志物研究：利用标准化计数数据筛选FFPE样本中的潜在生物标志物
- 通路调控机制分析：通过上游调控因子数据探究基因表达调控通路
